Các tác nhân gây bệnh thƣờng phân lập đƣợc trong NKĐTN mắc phải từ cộng đồng trên bệnh nhân suy giảm miễn dịch do nhiễm HIV là E. coli, Klebsiella spp., Citrobacter sp., Proteus, Providentia spp., Enterobacter sp., Serratia, Enterococcus và Candida albicans [2, 3, 6] (LE: 1b, GR: A).
Các vi khuẩn gây bệnh thƣờng gặp trong NKĐTN mắc phải trong bệnh viện gồm Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae, Proteus mirabilis, Staphylococcus epidermidis, Enterococcus và Candida sp.. E. coli là tác nhân gây bệnh chính của NKĐTN. Những nhóm huyết thanh của E. coli thƣờng gây ra NKĐTN là O1, O2, O4, O6, O7, O8, O75, O150 và O18ab [7].
Môi trƣờng bệnh viện đóng vai trò quyết định đối với loại vi khuẩn gây bệnh trong NKĐTN. Staphylococcus, Enterococcus, Proteus, Klebsiella, Enterobacter và Pseudomonas sp. thƣờng phân lập đƣợc ở bệnh nhân nội trú, trong khi E. coli chiếm ƣu thế ở bệnh nhân ngoại trú. Corynebacterium
urealyticum (Corynebacterium nhóm D2) đƣợc xác định là tác nhân gây bệnh
quan trọng trong nhiễm khuẩn bệnh viện [7]. NKĐTN do nấm, đặc biệt là Candida rất thƣờng gặp trong bệnh viện ở những bệnh nhân lọc máu phải đặt ống thông bàng quang.
Nhiễm nấm đƣờng tiết niệu là tình trạng có thể xuất hiện ở bệnh nhân suy giảm miễn dịch. Một số loại nấm xâm nhập từ môi trƣờng, một số loại khác là nhiễm khuẩn cơ hội, có thể chỉ gây bệnh nhẹ hoặc không gây bệnh ở ngƣời khỏe mạnh nhƣng lại gây bệnh nặng, thậm chí gây tử vong ở ngƣời suy giảm miễn dịch. Đối với bệnh nhân ghép tạng, nguồn lây nhiễm có thể là tạng ghép đã bị nhiễm. Mặc dù Candida spp. là tác nhân gây bệnh thƣờng
gặp nhất nhƣng số lƣợng các thông báo về nhiễm C. neoformans, Aspergilus spp. và những chủng loại nấm ít gặp trƣớc đây đang ngày càng tăng, do tác động của các chủng kháng thuốc, sự không đầy đủ của nghiên cứu thử nghiệm lâm sàng đánh giá hiệu quả điều trị và các bệnh lý phối hợp phức tạp của bệnh nhân, gây tác động tiêu cực đến tỷ lệ biến chứng và tử vong cũng nhƣ tiên lƣợng bệnh[8]
.