Hệ thống phần mềm quản lý thuế tập trung (TMS) đã thay thế 16 ứng dụng hỗ trợ công tác quản lý thuế phân tán tại Cục Thuế, các phòng và cấp chi cục, đáp ứng được toàn bộ các khâu xử lý dữ liệu cho các quy trình nghiệp vụ đăng ký thuế, quản lý hồ sơ, quản lý và xử lý kê khai, quyết toán thuế, kế toán thuế nội địa, quản lý nợ thuế… từ nằm 2016 đến nay. Ứng dụng TMS thực sự là công cụ hỗ trợ đắc lực cho đơn vị, cán bộ, công chức trong quy trình nghiệp vụ quản lý thuế trong chi cục. Đơn cử như việc quản lý nợ thì ứng dụng giúp cán bộ quản lý nợ thực hiện đầy đủ các
công việc từ phân công thu nợ, phân loại nợ, tính tiền chậm nộp, chốt số liệu nợ theo kỳ kế toán của người nộp thuế, in các thông báo đôn đốc và các báo cáo theo quy trình quản lý nợ…
Để hệ thống phát huy hiệu quả cao, những năm qua, song song với việc tổ chức vận hành quản trị về mặt kỹ thuật để đảm bảo ứng dụng hoạt động ổn định, Cục Thuế thường xuyên nâng cấp hoàn thiện ứng dụng TMS để đáp ứng tốt yêu cầu sửa đổi, bổ sung chính sách thuế, các quy trình quản lý thuế theo đúng chỉ đạo của cấp trên. Năm 2018, hệ thống TMS được nâng cấp, tích hợp thêm dịch vụ thuế điện tử (eTax) để người nộp thuế ứng dụng vào việc khai thuế, nộp thuế, hoàn thuế.
Từ năm 2016 đến nay, Cục Thuế tỉnh luôn đứng thứ nhất trong bảng xếp hạng bộ chỉ số đánh giá năng lực cạnh tranh các sở, ban, ngành và UBND cấp huyện tỉnh Đồng Nai… cho thấy chủ trương hiện đại hóa ngành thuế là rất đúng đắn và việc ứng dụng phần mềm quản lý thuế tập trung đã mang lại hiệu quả tích cực. Để phát huy hiệu quả hơn nữa hệ thống TMS, thời gian tới, Cục Thuế tiếp tục tiếp tục nâng cấp ứng dụng này; tăng cường đào tạo, tập huấn nâng cao trình độ và cách thức sử dụng hệ thống cho công chức ngành thuế; tiếp tục hỗ trợ tích cực người nộp thuế ứng dụng hệ thống vào kê khai, nộp thuế, hoàn thuế.