* Hạn chế trong hỗ trợ thành lập HTX: Mặc dù 100% HTXNN được hỗ trợ thành lập tuy nhiên chất lượng hỗ trợ chưa thực sự cao, thủ tục cấp giấy đăng ký kinh doanh còn khá rườm rà, mất nhiều thời gian đi lại.
* Hạn chế trong hỗ trợ tiếp cận đất đai, vốn và quỹ hỗ trợ phát triển Hợp tác xã nông nghiệp: Hỗ trợ tiếp cận đất đai, vốn và quỹ chưa đạt được kết quả như mong muốn, một phần do chính bản thân HTX khi họ không tự nâng cao năng của mình để có thể xây dựng được phương án SXKD hợp lý, khả thi; một phần do việc tổ chức thực thi các chính sách của chính quyền huyện chưa đến nơi, đến chốn, chẳng hạn Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất là một trong những điều kiện để đảm tiền vay nhưng chưa được huyện cấp kịp thời. Các dịch vụ hỗ trợ các hộ nông dân tiếp cận và sử dụng vốn còn hạn chế.
* Hạn chế trong hỗ trợ đào tạo bồi dưỡng nguồn nhân lực: Chất lượng đào tạo, bồi dưỡng còn chưa cao, nhất là ở các lớp ở địa phương; một số nội dung đào tạo, bồi dưỡng chưa phù hợp với thực tiễn; phương pháp giảng dạy còn khó hiểu nên khả năng áp dụng hạn chế, chưa mang lại kết quả SXKD cao. Số lượng các lớp và số lượt người tham gia còn ít, chủ yếu là đội ngũ quản lý HTX, còn xã viên thì tỷ lệ được tham gia trên tổng số xã viên còn thấp. Kinh phí hỗ trợ đào tạo, bồi dưỡng còn rất hạn chế.
* Hạn chế trong hỗ trợ ứng dụng khoa học kĩ thuật và công nghệ mới: Các lớp tập huấn chuyển giao số lượng người có nhu cầu tham gia quá đông nhưng số lớp được tổ chức còn ít, phương pháp giảng dạy đôi khi còn khó hiểu, khả năng ứng dụng còn hạn chế và chưa được phổ biến rộng rãi và nhanh chóng. Kinh phí hỗ trợ ứng dụng khoa học kĩ thuật và công nghệ mới còn rất hạn chế.
* Hạn chế trong hỗ trợ xúc tiến, mở rộng thị trường: Chính sách hỗ trợ XTTM đối với HTX chưa nhiều, mức hỗ trợ còn thấp; nhiều HTX chưa quan tâm đúng mức đối với hoạt động này hoặc có quan tâm nhưng do hạn chế về tài chính nên rất khó phát triển thị trường tiêu thụ sản phẩm.
* Hạn chế trong vai trò lãnh đạo của cấp ủy Đảng và các tổ chức đoàn thể quần chúng đối với công tác hỗ trợ phát triển HTXNN tại địa phương: Vai trò lãnh đạo của chính quyền còn mang tính trách nhiệm, chưa bao quát và chuẩn mực với thực tiễn hoạt động và phát triển của các HTXNN trên địa bàn huyện.
* Hạn chế trong chính sách hỗ trợ: Các chính sách hỗ trợ tuy được hoạch định chặt chẽ nhưng không tránh khỏi những chồng chéo trong việc tổ chức thực hiện và quản lý cũng như chưa đáp ứng được sự biến động và thay đổi luôn luôn của kinh tế đất nước nói chung, kinh tế địa phương và kinh tế HTXNN huyện Hương Sơn nói riêng, rất cần sự xem xét cải cách và bổ sung hợp lý.