Bên cạnh những thành công thì công ty TNHH Cát Lâm còn nhiều thiếu sót, tồn tại: Việc thực hiện chức năng nhiệm vụ của các phòng ban còn chưa cụ thể, còn chồng chéo công việc, đôi khi khiến công việc bị đẩy về ban giám đốc hoặc không giải quyết công việc kịp thời.
Việc nhập nguyên vật liệu từ nước ngoài nên đôi khi xảy ra tình trạng thiếu nguyên vật liệu hay nhập không kịp thời gian, không đúng chủng loại và bị phụ thuộc vào các công ty nước ngoài, vì vậy đôi khi ảnh hưởng tới chiến lược và kết quả kinh doanh của công ty. Hoạt động xuất nhập khẩu của công ty đôi lúc bị ngừng trệ, và làm chậm tiến độ thực hiện hợp đồng, gây thiệt hại tới kết quả kinh doanh của công ty.
Mặc dù chất lượng nhân lực và việc đào tạo cán bộ công nhân viên trong công ty đã được chú trọng, tuy nhiên vẫn còn thiếu ở một số vị trí, cụ thể là thiếu một số cán bộ kỹ thuật tay nghề cao và có nhiều kinh nghiệm, bộ phận kinh doanh cũng thiếu một vài nhân viên kinh doanh lập kế hoạch khiến công việc được thực hiện dồn cho những người khác trong các bộ phận đó.
Việc nghiên cứu phát triển sản phẩm mới của công ty chưa đã được công ty thực hiện triển khai nhưng chưa thực sự chú trọng. Phần lớn công ty lắp ráp các sản phẩm
phát triển hay tìm hiểu nhu cầu thị trường để nhập các sản phẩm khác. Vì vậy công ty chưa tìm được các thị trường mới mà vẫn đang phục vụ thị trường và khách hàng thân quen.
Việc kiểm tra, đánh giá sản phẩm được quán triệt, tuy nhiên việc thực hiện chưa thực sự tốt mà thưởng chỉ là thực hiện cho đủ công đoạn.