Pháp luật về quản lý chất thải từ các nông trại chăn nuôi đã đưa ra một quy trình triển khai và thực hiện một cách lần lượt từ quy định đối với chủ nguồn thải đến quy định về việc thu gom, lưu giữ, vận chuyển đến việc xử lý chất thải từ các nông trại chăn nuôi, đồng thời cũng quy định rõ trách nhiệm của các chủ thể liên quan đến chất thải chăn nuôi, cụ thể:
Về quản lý đối với chủ nguồn thải: Chiến lược phát triển chăn nuôi đến năm 2020 ban hành kèm theo Quyết định số 10/2008/QĐ-TTg ngày 16/01/2008 đặt mục tiêu về môi trường như sau: “Các cơ sở chăn nuôi, nhất là chăn nuôi theo phương thức trang trại, công nghiệp và cơ sở giết mổ, chế biến gia súc, gia cầm phải có hệ thống xử lý chất thải, bảo vệ và giảm ô nhiễm môi trường”. Luật Chăn nuôi năm 2018 hiện nay đã quy định việc quản lý của cơ quan nhà nước đối với các chủ nguồn thải chất thải từ các nông trại chăn nuôi thông qua việc quy định các điều kiện chăn nuôi. Các nông trại chăn nuôi phải
đáp ứng các điều kiện như có biện pháp bảo vệ môi trường theo quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường; có khoảng cách an toàn từ khu vực chăn nuôi đến đối tượng chịu ảnh hưởng của hoạt động chăn nuôi và từ nguồn gây ô nhiễm đến khu vực chăn nuôi; có đủ nguồn nước đảm bảo chất lượng cho hoạt động chăn nuôi và xử lý chất thải chăn nuôi. Ngoài ra, các tổ chức, cá nhân chăn nuôi trang trại quy mô lớn phải được cấp Giấy chứng nhận đủ điều kiện chăn nuôi. Các quy định này đã xác lập quan điểm “xử lý môi trường chăn nuôi để được phép chăn nuôi”, “không đánh đổi môi trường lấy lợi ích kinh tế” của Đảng và Nhà nước ta [42].
Về quản lý với tổ chức, cá nhân vận chuyển, tái chế, tái sử dụng, xử lý chất thải từ các nông trại chăn nuôi: Luật Bảo vệ Môi trường năm 2014 quy định chủ cơ sở sản xuất làm phát sinh chất thải có trách nhiệm giảm thiểu, tái sử dụng, tái chế và thu hồi năng lượng từ chất thải hoặc chuyển giao cho cơ sở có chức năng phù hợp để tái sử dụng, tái chế và thu hồi năng lượng (Điều 86)
Tổ chức, cá nhân chăn nuôi có nghĩa vụ xử lý chất thải chăn nuôi theo quy định của pháp luật về BVMT. Cụ thể, tổ chức, cá nhân sở hữu cơ sở chăn nuôi trang trại có trách nhiệm xử lý chất thải rắn có nguồn gốc hữu cơ, nước thải chăn nuôi, khí thải từ hoạt động chăn nuôi đáp ứng quy chuẩn kỹ thuật quốc gia trước khi sử dụng cho cây trồng, làm thức ăn cho thủy sản hoặc xả thải ra nguồn tiếp nhận. Việc xử lý vật nuôi chết vì dịch bệnh và chất thải nguy hại khác phải tuân thủ quy định của pháp luật về thú y, bảo vệ môi trường. Chất thải chăn nuôi chưa xử lý khi vận chuyển ra khỏi cơ sở chăn nuôi đến nơi xử lý phải sử dụng phương tiện, thiết bị chuyên dụng (Điều 59 Luật Chăn nuôi năm 2018).