Các cơ quan có thẩm quyền chung về quản lý chất thải từ các nông trại chăn nuôi bao gồm Chính phủ và UBND các cấp.
Thứ nhất, trách nhiệm của Chính phủ.
Chính phủ là cơ quan đầu mối, thống nhất quản lý nhà nước về môi trường trong phạm vi cả nước. Trong quản lý chất thải chăn nuôi, căn cứ vào tình hình thực tế của mỗi giai đoạn, căn cứ vào kiến nghị của các cơ quan có thẩm quyền, Chính phủ có trách nhiệm sửa đổi, bổ sung hoặc ban hành văn bản quy phạm pháp luật mới về quản lý chất thải trong đó có chất thải chăn nuôi để phù hợp hơn với yêu cầu thực tiễn, đáp ứng được nhu cầu phát triển của đất nước. Chính phủ là cơ quan đầu mối, chủ trì trong việc tiếp nhận các dự án hợp tác quốc tế về BVMT nói chung và quản lý chất thải chăn nuôi nói riêng từ đó giao cho các cơ quan chuyên môn triển khai thực hiện.
Thứ hai, UBND các cấp chỉ đạo, tổ chức thực hiện, tuyên truyền, phổ biến, giáo dục pháp luật và quản lý chất thải từ các nông trại chăn nuôi ở địa phương, cụ thể:
UBND cấp tỉnh: thực hiện quản lý nhà nước về chăn nuôi thuộc phạm vi quản lý; xây dựng, ban hành quy chuẩn kỹ thuật địa phương về chăn nuôi; xây dựng và tổ chức vùng chăn nuôi, sản xuất và chế biến thức ăn chăn nuôi tập trung gắn với xử lý chất thải, BVMT; thanh tra, kiểm tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo, xử lý vi phạm pháp luật theo thẩm quyền và phối hợp xử lý vi phạm pháp luật về chăn nuôi trên địa bàn; cấp, cấp lại, thu hồi giấy chứng nhận đủ điều kiện chăn nuôi đối với trang trại chăn nuôi quy mô lớn; trình HĐND cấp tỉnh quyết định khu vực thuộc nội thành của thành phố, thị xã, thị trấn, khu dân cư không được phép chăn nuôi và chính sách hỗ trợ khi di dời cơ sở chăn nuôi ra khỏi khu vực không được phép chăn nuôi.
UBND cấp huyện: tổ chức quản lý, phát triển chăn nuôi tại địa phương; thanh tra kiểm tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo, xử lý vi phạm pháp luật về chăn nuôi trong địa bàn huyện theo thẩm quyền; tổ chức tuyên truyền, phổ biến pháp luật về quản lý chất thải chăn nuôi đến các cơ sở chăn nuôi trên địa bàn.
trong đó có lĩnh vực quản lý chất thải từ các nông trại chăn nuôi; tổ chức thực hiện việc kê khai hoạt động chăn nuôi trên địa bàn; thống kê cơ sở chăn nuôi trên địa bàn; phát hiện và xử lý theo thẩm quyền các vi phạm pháp luật về BVMT hoặc báo cáo cơ quan quản lý nhà nước về BVMT cấp trên trực tiếp.