Trong quá trình quản lý chất thải từ các nông trại chăn nuôi, nếu vi phạm pháp luật hình sự, các chủ thể có thể phải chịu trách nhiệm hình sự về những tội sau: tội gây ô nhiễm môi trường; tội vi phạm quy định về phòng ngừa, ứng phó, khắc phục sự cố môi trường; tội làm lây lan dịch bệnh truyền nhiễm nguy hiểm cho người; tội làm lây lan dịch bệnh nguy hiểm cho động vật, thực vật. Tùy vào mức độ vi phạm của từng hành vi, các chủ thể vi phạm có thể bị truy cứu trách nhiệm hình sự theo quy định của Bộ luật Hình sự 2015 với mức phạt tiền cao nhất là 3.000.000.000 đồng và mức phạt tù cao nhất là 10 năm tù. Ngoài ra, chủ thể vi phạm còn có thể bị cấm đảm nhiệm chức vụ, cấm hành nghề hoặc làm công việc nhất định trong thời hạn theo quy định của pháp luật. Bên cạnh đó, Bộ luật Hình sự năm 2015 (sửa đổi, bổ sung năm 2017) quy định pháp nhân thương mại cũng có thể phải chịu trách nhiệm hình sự đối với một số tội phạm về môi trường. Đây là một điểm mới rất đáng lưu ý của Bộ luật Hình sự năm 2015 (sửa đổi, bổ sung năm 2017). Việc quy định pháp nhân thương mại là chủ thể của tội phạm hình sự có ý nghĩa quan trọng trong việc thắt chặt hành lang pháp lý trong BVMT, góp phần đáp ứng
yêu cầu đấu tranh chống các hành vi phạm tội do pháp nhân thực hiện gây thiệt hại cho lợi ích của người dân.
Tuy nhiên, pháp luật về chế tài hình sự đối với tội phạm môi trường vẫn còn tồn tại hạn chế như: Tội phạm về môi trường theo Bộ luật Hình sự năm 2015 (sửa đổi, bổ sung năm 2017) không có tội phạm nào được phân loại là tội phạm đặc biệt nghiêm trọng, trong khi hậu quả của tội phạm này gây ra cho môi trường trong thực tế là rất lớn. Điều này dẫn đến chế tài của pháp luật không đủ sức răn đe những hành vi vi phạm ở mức độ nghiêm trọng của các chủ thể trong việc kiểm soát ô nhiễm môi trường, gây bức xúc trong dư luận.