Trong hệ thống quản lý nhà nước về chất thải từ các nông trại chăn nuôi, trách nhiệm của các cơ quan chuyên môn ở trung ương thuộc về Bộ Tài nguyên và Môi trường và Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
Bộ Tài nguyên và Môi trường là đơn vị đầu mối có trách nhiệm quản lý nhà nước về môi trường và quản lý chất thải nói chung: “Chỉ đạo, hướng dẫn và tổ chức thực hiện hoạt động quản lý chất thải, kiểm soát ô nhiễm; cải thiện và phục hồi môi trường” [53].
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn là cơ quan đầu mối giúp Chính phủ thực hiện quản lý nhà nước về chăn nuôi trong phạm vi cả nước và có trách nhiệm xây dựng, chỉ đạo thực hiện chiến lược, kế hoạch, đề án trong chăn nuôi; xây dựng tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật quốc gia trong chăn nuôi, quy định chỉ tiêu chất lượng bắt buộc phải công bố; xây dựng và hướng dẫn quy trình thực hành chăn nuôi tốt; thanh tra, kiểm tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo, xử lý vi phạm pháp luật về chăn nuôi theo thẩm quyền.
Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn có trách nhiệm chủ trì, phối hợp với Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường, Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ và chủ tịch UBND cấp tỉnh tổ chức triển khai thực hiện pháp luật về BVMT trong hoạt động sản xuất, nhập khẩu, sử dụng hóa chất, phân bón, chất thải trong nông nghiệp và các hoạt động khác trong lĩnh vực quản lý.
Ngoài các cơ quan nhà nước có thẩm quyền, các cơ quan, tổ chức như Mặt trận Tổ quốc Việt Nam, các tổ chức chính trị - xã hội, tổ chức xã hội, nghề nghiệp, cộng đồng dân cư cũng có trách nhiệm trong BVMT nói chung
và quản lý chất thải chăn nuôi nói riêng. Các cơ quan, tổ chức này trong phạm vi chức năng, nhiệm vụ của mình, có trách nhiệm tuyên truyền, vận động thực hiện chính sách, pháp luật về chăn nuôi và quản lý chất thải chăn nuôi; tham gia góp ý kiến xây dựng pháp luật trong lĩnh vực quản lý chất thải chăn nuôi. Đặc biệt, thời gian gần đây, sự tham gia tích cực của người dân đã góp phần phát hiện những hành vi vi phạm pháp luật trong lĩnh vực BVMT, tố cáo, khởi kiện với các cơ quan Nhà nước có thẩm quyền để kịp thời xử lý, ngăn chặn.