Vốn đầu tƣ
Xây dựng và phát triển ngân hàng điện tử đòi hỏi nguồn vốn lớn để phát triển cơ sở vật chất, hạ tầng kỹ thuật, trang bị máy móc thiết bị làm việc. Chẳng hạn như chi phí cho việc lắp đặt và vận hành của một máy ATM lên đến 70.000 usd/ năm còn chi phí lắp đặt một máy quẹt thẻ thanh toán tại điểm bán hàng cũng gần 1000 usd/chiếc. Ngoài ra còn cần đến các chi phí khác như khoản chi đầu tư nghiên cứu và triển khai, phát triển các phần mềm ứng dụng sao cho các chương trình vừa dễ dử dụng đối với khách hàng mà lại có thể đảm bảo sự an toàn và bảo mật cho cả hệ thống ngân hàng điện tử của ngân hàng, chi phí cho đào tạo nguồn nhân lực... Quá trình này phụ thuộc rất lớn vào năng lực tài chính của mỗi ngân hàng, không phải ngân hàng nào cũng đủ tiềm lực tài chính để đầu tư. Đây là một trong khó khăn
vướng mắc hiện nay trong quá trình hiện đại hoá hoạt động ngân hàng, quá trình phát triển các dịch vụ của dịch vụ ngân hàng điện tử. Bên cạnh đó việc lựa chọn công nghệ, phần mềm ứng dụng cũng có tính quyết định đến hiệu quả hoạt động của dịch vụ này.
Nguồn nhân lực
Khi phát triển dịch vụ ngân hàng điện tử, có thể các ngân hàng giảm được đáng kể nguồn nhân lực do có nhiều công đoạn được tự động hoá và có thiết bị máy tính hỗ trợ đắc lực. Nhưng cũng chính điều này đòi hỏi mỗi nhân viên ngân hàng phải trang bị cho mình những kĩ năng ứng dụng công nghệ thông tin một cách có hiệu quả, có thói quen làm việc bằng các phương tiện điện tử, đồng thời các nghiệp vụ ngân hàng phải nắm chắc hơn vì họ không còn làm việc trực tiếp với khách hàng thường xuyên nữa. Ngoài ra, các ngân hàng cần phải có đội ngũ chuyên gia thông tin đủ mạnh để có thể nắm bắt tốt tình hình thị trường, xu hướng tương lai và nhu cầu thay đổi của khách hàng. Con người luôn là nhân tố quyết định đến sự thành công của bất kì hoạt động nào, phát triển nhân lực mạnh mẽ sẽ góp phần to lớn cho những thành công của ngân hàng điện tử.
Chính sách của ngân hàng
Việc dịch vụ ngân hàng điện tử phát triển như thế nào, phát triển đến đâu phụ thuộc rất lớn vào chính sách của ngân hàng dành cho dịch vụ này. Để củng cố lòng tin, sự trung thành và cũng khẳng định được thương hiệu của chính ngân hàng đó đối với người sử dụng dịch vụ là một trong những yếu tố quan trọng giúp khách hàng thay đổi nhận thức và tiếp cận với dịch vụ tiềm ẩn nhiều rủi ro này. Là loại sản phẩm thuộc công nghệ mới, chính sách của ngân hàng cũng như vai trò marketing và truyền thông về công dụng, tính an toàn, tiện ích và sự phù hợp với sự phát triển của nền kinh tế đóng một vai trò quan trọng, giúp cho người dân có một cái nhìn và sự hiểu biết toàn diện về dịch vụ ngân hàng điện tử.
Hệ thống bảo mật, phòng ngừa rủi ro
Vốn và công nghệ tuy là vấn đề không phải dễ vượt qua, nhưng cũng có thể khắc phục được, vấn đề nan giải hơn là ở tính an toàn và bảo mật của hệ thống ngân
hàng điện tử. Rủi ro trong hoạt động dịch vụ này là không nhỏ, khách hàng có thể bị mất mật khẩu truy nhập tài khoản từ lúc nào mà mình chẳng hay biết do bị hacker ăn cắp bằng công nghệ cao. Từ đó tiền trong tài khoản của khách hàng bị mất mà không biết tại bản thân mình nhầm lẫn hay tại ngân hàng. Còn về phía ngân hàng ở Việt Nam, do công nghệ chủ yếu được mua từ nước ngoài nên sự chủ động nắm bắt công nghệ không cao, việc phát hiện và vá các lỗi của phần mềm mua từ nước ngoài chưa thể thực hiện được một cách đầy đủ, khả năng lớn là phải mời chuyên gia, tốn kém và mất thời gian. Ngoài ra phải kể đến chính sách quản lý rủi ro đối với hoạt động ngân hàng điện tử của các ngân hàng còn đang ở những bước đi đầu tiên, không có hệ thống lưu trữ dữ liệu tổn thất, thiếu những công cụ quản lý rủi ro cần thiết để đi vào thực tiễn. Ứng dụng công nghệ thanh toán hiện đại đã và đang là xu hướng chung của nhiều ngân hàng trên thế giới và các ngân hàng tại Việt Nam vấn đề an ninh bảo mật đã trở thành vấn đề sống còn của ngành ngân hàng thời điện tử hóa. An ninh bảo mật cũng là mối quan tâm hàng đầu của khách hàng khi quyết định lựa chọn hình thức thanh toán không dùng tiền mặt. Vì vậy nếu thiếu những biện pháp an toàn bảo mật thì việc phát triển dịch vụ ngân hàng điện tử không thể thực hiện được.