Gia Long chết, Minh Mạng kế vị làm vua từ năm 1819 đến năm 1840. Khi mới lên ngôi, Minh Mạng tiếp tục chính sách cai trị của Gia Long đối với Gia Định: Về hành chính, Gia Định từ năm 1808 đã được nâng lên làm Gia Định thành, tương đương như Bắc thành, để cai quản chung cả vùng. Ngay năm 1820, Minh Mạng cử Lê Văn Duyệt làm Tổng trấn với quyền hành rất lớn. Lê Văn Duyệt vốn là võ tướng, tác phong và cách cai trị rất nghiêm khắc. Ngoài nước thì quân Xiêm ngại Duyệt nên không dám xâm phạm Cao Miên, trong nước thì bọn “yêng hùng tứ chiếng”, “trộm cướp kế vị làm vua từ năm 1819 đến năm 1840. Khi mới lên ngôi, Minh Mạng tiếp tục chính sách cai trị của Gia Long đối với Gia Định: Về hành chính, Gia Định từ năm 1808 đã được nâng lên làm Gia Định thành, tương đương như Bắc thành, để cai quản chung cả vùng. Ngay năm 1820, Minh Mạng cử Lê Văn Duyệt làm Tổng trấn với quyền hành rất lớn. Lê Văn Duyệt vốn là võ tướng, tác phong và cách cai trị rất nghiêm khắc. Ngoài nước thì quân Xiêm ngại Duyệt nên không dám xâm phạm Cao Miên, trong nước thì bọn “yêng hùng tứ chiếng”, “trộm cướp tay chơi” sợ Duyệt nên ít dám ho he. Tuy nhiên đây là một chính sách cai trị có tính tản quyền và phần nào “địa phương tự trị”.
Năm 1832, Lê Văn Duyệt chết. Chỉ vài tháng sau, Minh Mạng chấm dứt chế độ tản quyền, ra lệnh: “Từ Quảng Nam đến Gia Định mỗi hạt đặt chức, đốc phủ, bố, án và lãnh binh. Còn nguyên trước đặt các chức Tổng trấn, Các tào và Trấn thủ, Tham hiệp đều bãi[96]. Gia Định chia thành sáu tỉnh. Song vừa được mấy tháng, Lê Văn Khôi đã nổi lên chiếm thành Gia Định và nhiều nơi khác, dân nghèo theo rất đông. Năm 1835, quân triều đình mới lấy lại được thành, hồi đó còn gọi là thành Phiên An.
Sau những biến cố đó, Minh Mạng đem áp dụng chế độ công điền công thổ vào Nam kỳ. Không hiểu vì tình hình bắt buộc hay do xu hướng tinh thần mà Minh Mạng làm vậy. Hoặc vì cả hai lý do. Chúng ta biết rằng Gia Long thực tế, còn Minh Mạng lý thuyết hơn. Minh Mạng thiên về chính sách bình quân, muốn trở lại một xã hội nông nghiệp thuần túy, ghét dân mạt nghiệp (người buôn bán), không muốn cho Nam kỳ một mình theo con đường tự phát mở mang. Nếu để Nam kỳ theo riêng một chế độ, mạnh được yếu thua, Nam kỳ sẽ đầy rẫy dân nghèo và trộm cướp, rồi loạn lớn. Phải chăng bởi tình hình đó, do lập luận đó, Minh Mạng đã làm ngược lại Gia Long, tức là đem áp đặt triệt để chế độ công điền công thổ vào Nam kỳ, coi đó vừa là giải pháp kinh tế, xã hội vừa là giải pháp chính trị để “yên dân”?