Thứ nhất, chất lượng nông sản của nước ta hiện nay vẫn còn kém hơn so với các
nước lân cận. Tuy kim ngạch xuất khẩu nông sản của nước ta ở thị trường Mỹ đã tăng trưởng nhiều so với trước đây nhưng giá trị đạt được không cao so với nông sản của các đối thủ cạnh tranh đến từ các quốc gia khác do nông sản nước ta chất lượng không được đồng đều, việc sản xuất của người dân vẫn chưa có định hướng cụ thể, vẫn còn tình trạng sản xuất ồ ạt, dẫn đến việc dư thừa hàng hóa không thể tiêu thụ dẫn đến chất lượng hàng hóa giảm là cho giá thành giảm và không nhận được sự đánh giá cao về chất lượng của người tiêu dùng. Điển hình là Thái Lan đã áp dụng chính sách mỗi làng một sản phẩm (One tambon, one product) tức là mỗi làng sẽ phát triển một sản phẩm chủ lực với chất
lượng cao, đóng góp vào cơ cấu nông sản chung của cả quốc gia đa dạng hơn và tránh được tình trạng dư thừa.
Thứ hai, công nghệ chế biến, bảo quản dự trữ của Việt Nam vẫn còn nhiều hạn
chế so với thế giới và các nước lân cận. Các nước như Thái Lan, Trung Quốc,...là các nước dẫn đầu về xuất khẩu nông sản đa phần đều sử dụng những công nghệ sản xuất, chế biến tiên tiến hơn so với nước ta. Nông sản nước ta tuy có sản lượng cao nhưng do khâu chế biến còn hạn chế dẫn đến giảm chất lượng các mặt hàng nông sản trong quá trình vận chuyển dài. Bên cạnh đó là sự chưa thống nhất giữa doanh nghiệp kinh doanh và doanh nghiệp chế biến , gây ra sự không đồng nhất về quy cách đóng gói, nhãn hiệu chưa phù hợp với thị trường Mỹ, chưa chứng tỏ được xuất xứ thương hiệu cả các sản phẩm nông sản Việt Nam. Kết cấu hạ tầng phục vụ cho việc vận chuyển, bảo quản, dự trữ, bốc xếp hàng hóa nông sản, nhất là hàng tươi sống còn rất yếu nên giá thành sản phẩm và phí gián tiếp thường rất cao.
Thứ ba, chất lượng và năng suất lao động trong lĩnh vực nông sản của nước ta còn
hạn chế. Trình độ tay nghề của lao động ngành nông sản của nước ta còn thấp, chưa có các chương trình đào tạo chuyên sâu cho người nông dân trong khâu sản xuất, sơ chế khi thu hoạch cũng như chưa có những chuyển giao về công nghệ, kỹ thuật canh tác tiên tiến giúp người nông dân có thể áp dụng ngay từ khâu sản xuất ban đầu, làm cho sản lượng và chất lượng nông sản không đạt giá trị cao so với các quốc gia lân cận có cùng điều kiện về khí hậu.
Thứ tư, mặt hàng nông sản nước ta hiện nay còn thiếu các hàng rào tiêu chuẩn về
chất lượng, về vệ sinh an toàn thực phẩm đối với các mặt hàng nông sản xuất khẩu. Hàng hóa Việt Nam vào Mỹ gặp rất nhiều rào cản, Mỹ là thị trường khó tính với nhiều chính sách, những rào cản thương mại nghiêm ngặt với các mặt hàng đặc biệt là mặt hàng nông sản, vì hàng hóa của Việt Nam vẫn còn tình trạng chất lượng không đúng với những tiêu chuẩn được đặt ra, không đúng với mô tả của sản phẩm khi bán vào thị trường Mỹ dẫn đến mất niềm tin đối với các sản phẩm có nguồn gốc từ Việt Nam của người tiêu dùng.
Thứ năm, nông sản của Việt Nam khi xuất khẩu vào Mỹ vẫn chưa đảm bảo được
là: mối nguy về sinh học (bao gồm ký sinh trùng và vi khuẩn gây bệnh); mối nguy về hóa học (phóng xạ, thuốc trừ sâu và dư lượng thuốc, độc tố tự nhiên, phân hủy thực phẩm, phụ gia, chất tạo màu không được sử dụng, các chất gây dị ứng thực phẩm); mối nguy vật lý (nhiễm bẩn thủy tinh hoặc kim loại); mối nguy từ vô tình hoặc cố ý để đạt được lợi ích kinh tế (làm giả, làm nhái...)
Thứ sáu, năng lực quản lý sản xuất kinh doanh, chế biến và xuất khẩu nông sản
chưa đáp ứng được yêu cầu trong điều kiện tự do hóa thương mại, nhất là khâu marketing và dự báo thị trường. Mối liên hệ giữa khâu cung ứng vật tư đầu vào và tiêu thụ sản phẩm đầu ra, giữa khâu kỹ thuật với khâu kinh tế,. chưa thiết lập được một cách vững chắc để đảm bảo sự ổn định cũng như hiệu quả về số lượng và chất lượng các mặt hàng nông sản.