Công ty lữ hành Hanoitourist tiền thân là một trung tâm du lịch trực thuộc công ty du lịch Hà nội được thành lập ngày 25/3/1963, là một doanh nghiệp nhà nước trực thuộc Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội. Ngày 12/7/2004, UBND Thành phố Hà Nội ra Quyết định thành lập Tổng công ty Du lịch Hà Nội, thí điểm hoạt động theo mô hình Công ty mẹ - công ty con, trên cơ sở tập hợp một số doanh nghiệp kinh doanh du lịch trên địa bàn Thành phố với mục tiêu tập trung xây dựng một Tổng công ty du lịch lớn, có thương hiệu mạnh, hoạt động đa ngành nghề, đa sở hữu, có sức cạnh tranh cao và hội nhập kinh tế quốc tế hiệu quả, phù hợp với yêu cầu phát triển của ngành Du lịch và nền kinh tế Thủ đô.
Công ty du lịch Hà nội được thành lập với nhiệm vụ đón tiếp và phục vụ các đoàn ngoại giao, khách quốc tế đến thăm Thủ đô Hà Nội. Từ một trung tâm nhỏ trực thuộc tổng công ty du lịch Hà Nội, trung tâm lữ hành Hanoitourist được chuyển đổi theo mô hình công ty mẹ công ty con trở thành công ty thành viên trực thuộc tổng công ty du lịch Hà Nội. Công ty Lữ hành Hanoitourist thành lập năm 2005 là đơn vị phụ thuộc Tổng công ty Du lịch Hà Nội - Công ty TNHH. là công ty chuyên doanh lữ hành quốc tế với 3 mảng nghiệp vụ lữ hành: Inbound - Outbound - Nội địa. Công ty lữ hành Hanoitourist chịu trách nhiệm kinh doanh mảng du lịch lữ hành bên cạnh những mảng kinh doanh khác như kinh doanh khách sạn, dịch vụ văn phòng cho thuê, dịch vụ thương mại và vui chơi giải trí mà tổng công ty đang hoạt động kinh doanh.