Đối với từng khoảng mục, VDAC đã thiết kế một chương trình kiểm toán riêng đáp ứng đầy đủ các mục tiêu kiểm toán để các thành viên trong VDAC có thể dựa vào các giấy tờ làm việc trên chương trình kiểm toán mà hoàn thành công việc dễ dàng và thống nhất với nhau hơn. VDAC đã xây dựng một chương trình kiểm toán khoản mục doanh thu và nợ phải thu khách hàng chung cho mọi mặt hàng. Sau khi thu thập các thông tin, đánh giá hệ thống KSNB thì KTV sẽ thực hiện cuộc kiểm toán dựa trên chương trình đã được thiết kế sẵn. Trong mọi trường hợp, KTV không được tự ý thay đổi chương trình kiểm toán. Tùy thuộc vào đặc điểm quy mô của từng khách hàng, KTV sẽ vận dụng linh hoạt chương trình kiểm toán doanh thu và nợ phải thu. Tuy nhiên trong quá trình thực hiện, nếu phát sinh, xuất hiện những vấn đề khác với kế hoạch đề ra, KTV có thể đề nghị điều chỉnh kế hoạch cho phù hợp. Mọi sự thay đổi đều phải được sự chấp thuận của trưởng phòng kế toán. Các chương trình kiểm toán đều giống nhau ở đặc điểm là luôn bao gồm các thủ tục theo tuần tự: thủ tục chung, thủ tục phân tích và thử nghiệm chi tiết. KTV sẽ tiến hành thực hiện chương trình kiểm toán, sau 5 ngày sẽ gửi lên người soát xét 1 kiểm tra lại, điều chỉnh những sai sót nếu có, tiếp 5 ngày sau khi người soát xét 1 kiểm tra sẽ gửi lên người soát xét 2 kiểm tra kỹ hơn và duyệt các giấy tờ làm việc trong chương trình kiểm toán.
(Chương trình kiểm toán doanh thu – Xem giấy tờ làm việc G130, phụ lục 06) (Chương trình kiểm toán nợ phải thu – Xem giấy tờ làm việc D330, phụ lục 07)
4.3.2 Giai đoạn thực hiện kiểm toán
