CHƯƠNG 3 : KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
3.1. PHÂN LẬP GEN ZmBZIP72 TỪ CÂY NGÔ
3.1.5. Xác định và phân tích trình tự gen ZmbZIP72
Trình tự đoạn gen ZmbZIP72 được xác định bằng máy giải trình ABI 3500, sử dụng cặp mồi pJET1.2 F/R để xác định trình tự nucleotide trên plasmid tái tổ hợp theo cả hai chiều. Kết hợp giữa kết quả giải trình tự mồi pJET1.2 F và mồi pJET1.2 R chúng tôi có được trình tự đầy đủ của gen ZmbZIP72 có kích thước 953 bp. Kết quả xác định trình tự nucleotide được xử lý bằng phần mềm BioEdit và so sánh trình tự này với trình tự tham chiếu trên Ngân hàng gen (mã số: HQ328839), chúng tôi thấy rằng, hai đoạn gen có độ tương đồng 99%, với 2 điểm thay đổi: vị trí 486 A>C và vị trí 493 C>T (hình 3.6).
Hình 3.6: So sánh trình tự nucleotide giữa đoạn gen ZmbZIP72 từ giống Tẻ vàng chắt dạo (Lai Châu) với trình tự tham chiếu
ZmbZIP72:trình tự tham chiếu trên Ngân hàng gen mã số: HQ328839
bZIP72 clone: trình tự đoạn gen ZmbZIP72 phân lập từ giống Tẻ vàng chắt dạo (Lai Châu)
Sử dụng công cụ online http://insilico.ehu.es/translate/ để dịch mã đoạn gen thu được từ giống Tẻ vàng chắt dạo (Lai Châu) chúng tôi có được trình tự acid min suy diễn của đoạn nucleotide dài 894bp với 297 aa, tương ứng với trình tự acid amin của protein ZmbZIP72 trong CSDL của NCBI mã số ADO19904. Kết quả so sánh (hình 3.7) cho thấy, hai vị trí nucleotide bị thay đổi trong vùng CDS dẫn đến sự thay đổi trình tự acid amin, với thay đổi A>C dẫn tới mã bộ ba AAA>AAC và làm cho Lysine>Asparagine. Với thay đổi C>T làm cho mã CCT > TCT dẫn tới Proline> Serine. Tuy nhiên, các thay đổi acid amin này đều không thuộc vùng chức năng quan trọng của protein ZmbZIP72 như vùng lõi, vùng gắn protein, những thay đổi này có thể là sự đa hình của gen ZmbZIP72 ở giống Tẻ vàng chắt dạo (Lai Châu) so với giống CN165. Từ các kết quả thu được, chúng tôi có thể khẳng định đã phân lập và tách dòng thành công gen ZmbZIP72 từ giống ngô Tẻ vàng chắt dạo (Lai Châu) với độ dài 953bp bao gồm toàn bộ vùng CDS dài 894bp và 21bp thuộc vùng 5’ trước mã mở đầu và 38bp vùng 3’ sau mã kết thúc.
Hình 3.7: So sánh trình tự acid amin suy diễn của đoạn CDS trên đoạn gen ZmbZIP72
giống Tẻ vàng chắt dạo (Lai Châu) với trình tự tham chiếu
ZmbZIP72: Trình tự acid amin của protein ZmbZIP72 trong CSDL của NCBI: ADO19904
ZmbZIP72clone: Trình tự acid amin suy diễn đoạn gen ZmbZIP72 phân lập từ giống Tẻ vàng chắt dạo (Lai Châu)