Cục Thuế thành phố Hà Nội đã xây dựng chƣơng trình kiểm tra, kế hoạch thanh tra thuế TNCN tại doanh nghiệp, trên cơ sở đánh giá, phân loại rủi ro dựa trên nguồn dữ liệu kê khai của các doanh nghiệp đang quản lý, kết hợp với thông tin thu thập đƣợc trong quá trình quản lý, giám sát hồ sơ kê khai thuế, phù hợp với nguồn nhân lực, giúp cho công chức thanh tra, kiểm tra chủ động trong việc triển khai nhiệm vụ. Tăng cƣờng thanh tra, kiểm tra thuế đúng pháp luật, đúng quy trình nhằm phát hiện, xử lý và ngăn ngừa các hành vi vi phạm pháp luật thuế, nâng cao ý thức chấp hành pháp luật thuế, đồng thời khai thác nguồn thu cho NSNN; Đổi mới phƣơng pháp, nâng cao chất lƣợng công tác kiểm tra kê khai (hồ sơ khai thuế hàng tháng, quý), phân tích rủi ro tại bàn (đối với hồ sơ chuẩn bị thanh tra, kiểm tra tại doanh nghiệp), đảm bảo công tác kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế thiết thực, hiệu quả.
Chỉ đạo các Đoàn kiểm tra phải thay đổi từ nhận thức đến phƣơng pháp và cách thức phân tích rủi ro chi tiết hơn, chuyên sâu. Tăng cƣờng ứng dụng tin học đối với công tác thanh tra, kiểm tra nhƣ xây dựng ứng dụng tự động kết xuất dữ liệu cần thiết phục vụ cho kiểm tra tại bàn giúp cán bộ thuế có nhiều thời gian tập trung vào khâu đánh giá rủi ro. Sử dụng ứng dụng iHTKK cho công tác xác minh đối chiếu chứng từ khấu trừ thuế TNCN.
Đối với công tác đào tạo cán bộ thanh tra, kiểm tra thuế TNCN: Thứ bẩy hàng tuần, thƣờng xuyên tổ chức các buổi trao đổi chuyên môn; Định kỳ tổng hợp các nội dung vƣớng mắc trong khối thanh tra, kiểm tra để phố biến và thống nhất trong xử lý; tổng kết, đúc rút kinh nghiệm và kỹ năng thanh tra, kiểm tra theo nhóm ngành nghề, lĩnh vực; xây dựng sổ tay kỹ năng thanh tra, kiểm tra.
Cục Thuế xây dựng và triển khai thực hiện quy chế giám sát các đoàn thanh tra, kiểm tra. Gửi Thƣ ngỏ Thanh tra kiểm tra thuế tới toàn bộ doanh nghiệp có đề nghị hoàn thuế thuế TNCN và doanh nghiệp đƣợc thanh tra kiểm tra thuế TNCN, qua đó tuyên truyền về quyền lợi của doanh nghiệp và trách nhiệm của cơ quan thuế. Ban hành số điện thoại đƣờng dây tiếp nhận thông tin phản ánh về các hành vi tiêu cực của cán bộ thanh tra, kiểm tra thuế.