Thực tế cho thấy công tác QLNN về hoạt động phật giáo tại thành phố Đông Hà đang có những bất cập, còn nhiều hạn chế.
Một là, về tổ chức bộ máy, bộ phận tôn giáo thuộc phòng nội vụ có 1 phó phòng phụ trách và 1 chuyên viên. Từ khi nhập với Phòng nội vụ, kinh phí hoạt động được cấp chung với các hoạt động khác trong Phòng nội vụ, trong khi hoạt động tôn giáo nói chung và phật giáo nói riêng là hoạt động đặc thù. Theo quy định, mỗi phường có 1 cán bộ phụ trách tôn giáo, nhưng hiện toàn thành phố chỉ có 7 cán bộ tôn giáo/9 phường. Hầu hết chưa được đào tạo và thiếu kinh nghiệm nên không tham mưu được với lãnh đạo địa phương trong giải quyết các vấn đề về tôn giáo, cũng như về phật giáo. Hiện nay,
chuyên viên phụ trách tôn giáo đã chuyển công tác lên Ban tôn giáo tỉnh mà chưa tuyển dụng lại. Hơn nữa, cán bộ làm công tác tôn giáo thuộc biên chế hành chính của phòng nội vụ thì cơ cấu chất tổ chức, hành chính chứ không mang tính tâm linh, mà phật giáo là một tổ chức tâm linh, tín ngưỡng nên cần có cán bộ chuyên trách hoạt động lâu dài chứ không phải mang tính nhiệm kỳ nên trong QLNN còn gặp nhiều khó khăn.
Hai là, việc ra đời của Pháp lệnh số 21/2004/PL-UBTVQH11 của Ủy
ban Thường vụ Quốc hội về tín ngưỡng, tôn giáo được ban hành (ngày 18-6- 2004) thể hiện sự đổi mới về quan niệm tín ngưỡng, tôn giáo của Đảng và Nhà nước Việt Nam và cũng thể hiện sự quan tâm của Nhà nước với nhu cầu tinh thần của một bộ phận nhân dân. Tuy nhiên, pháp lệnh chưa đề cập đến tư cách pháp nhân của phật giáo nên khi cần giải quyết một số vấn đề nào đó liên quan đến pháp luật, sẽ rất khó giải quyết. Ví dụ như các nhà tu hành không được phép mở trường, mở bệnh viện, nên nhiều nơi tổ chức phật giáo phải mượn người đứng tên trường, bệnh viện.
Công tác phật giáo được xác định là một trong các nhiệm vụ của các cấp, các ngành, của toàn bộ hệ thống chính trị, nhưng vì không quy trách nhiệm cụ thể cho ai nên rất dễ rơi vào chồng chéo, lấn sân nhau hoặc đùn đẩy, không ai chịu trách nhiệm. Nhiều cơ quan, đơn vị, ban ngành, đoàn thể đều làm công tác tôn giáo.Pháp lệnh quy định một số điều chưa phù hợp với thực tiễn. Vì vây, Luật Tín ngưỡng, tôn giáo năm 2016 là một bước tiến mới, đảm bảo ngày càng tốt hơn quyền tự do tín ngưỡng, tôn giáo nói chung và phật giáo nói riêng của công dân, góp phần thể chế hóa quy định của Hiến pháp năm 2013 và các điều ước quốc tế về quyền con người mà Việt Nam là thành viên. Luật đã khắc phục những mặt bất cập, hạn chế và kế thừa, phát triển Pháp lệnh Tín ngưỡng, tôn giáo năm 2004. Tuy nhiên, khi Luật Tín ngưỡng, tôn giáo được ban hành, một số người lợi dụng “vỏ bọc” tự do tôn giáo để xuyên
tạc mục đích, ý nghĩa và nội dung của Luật, gây tâm lý hoang mang trong nhân dân, nhất là tín độ đạo phật trên địa bàn thành phố.
Ba là, Những cán bộ lãnh đạo cơ quan tôn giáo từ cấp thành phố đến cấp phường chưa được đào tạo bài bản, nếu có cũng chỉ là đào tạo cao cấp, cử nhân chính trị hoặc các chuyên ngành thuộc lĩnh vực khoa học - xã hội. Trong khi đó, những người đứng đầu các cơ sở phật giáo thường được trang bị rất kỹ về lý luận cơ bản. Không chỉ hiểu biết nhiều lĩnh vực, nhất là tâm lý con người, họ còn tạo được sự thu hút từ ngoại hình, giọng nói. Vì thế, người làm công tác phật giáo nhưng lại ngại tiếp xúc với những người đứng đầu cơ sở phật giáo. Có nơi, vì khó quản lý nên kìm hãm nhu cầu hoạt động phật giáo chính đáng của người dân hoặc ngược lại là làm ngơ khi có những biểu hiện hoạt động tôn giáo không đúng quy định của pháp luật. Trong khi các thế lực phản động, những kẻ cơ hội chính trị thì chỉ rình chờ những cái cớ rất nhỏ trong lĩnh vực phật giáo để thực hiện ý đồ chính trị là chống phá Đảng, Nhà nước Việt Nam.
Bốn là, do kinh phí hạn hẹp, cho nên số lượng các Hội nghị tuyên truyền tổ chức tại địa phương trên địa bàn thành phố còn khiêm tốn, chủ yếu là do UBND thành phố tổ chức, vì vậy, việc tuyên truyền các chủ trương, chính sách về tín ngưỡng, tôn giáo nói chung và phật giáo nói riêng đã đến được các chức sắc, chức việc, nhà tu hành, tín đồ phật tử nhưng số lượng còn hạn chế. Về nội dung tuyên truyền, chưa chú trọng đến việc biên soạn xây dựng đề cương hướng dẫn tuyên truyền, phổ biến các chủ trương, chính sách pháp luật của Đảng, Nhà nước;chưa tập trung tuyên truyền những vấn đề mang tính cấp bách, theo chuyên đề phù hợp với từng địa phương, từng đối tượng. Nội dung tuyên truyền chưa lồng ghép hợp lý và hiệu quả công tác tập huấn, phổ biến chính sách, pháp luật của Đảng, Nhà nước cho chức sắc, chức việc, nhà tu hành, tín đồ phật tửvới việc triển khai thực hiện các chương trình hành động
thực hiện các chủ trương, chính sách của Đảng và pháp luật của Nhà nước .Công tác tuyên truyền, giáo dục, thuyết phục, vận động hiệu quả chưa cao.
Năm là, do nhận thức về chủ trương của Giáo hội và tinh thần trách nhiệm không cao, trình độ hạn chế nên đã không thực sự có sự phối hợp nhịp nhàng trong việc quản lý, điều hành và xử lý các Phật sự thật khoa học và hợp lý, dẫn đến sự tồn tại các hiện trạng nổi cộm như bất chấp Giáo hội của một số Tăng Ni bị kỷ luật. Một số Tăng Ni trụ trì chưa có ý thức về tầm quan trọng của tổ chức Giáo hội nên vẫn duy trì nếp sinh hoạt vì lợi ích riêng lẻ nên chưa tích cực tham gia các công tác của Giáo hội, dẫn tới tiêu cực trong vấn đề kết nối và duy trì lợi ích nhóm mà bất chấp kỷ cương. Bên cạnh đó, những yêu cầu Phật sự cấp thiết tại địa phương về mặt xây dựng của một số cơ sở Tự viện đến nay vẫn còn nhiều khó khăn, chưa xong thủ tục do nhiều yếu tố khách quan và chủ quan. Các Ban ngành hữu quan của tỉnh thật sự chưa có sự quan tâm đến những khó khăn của các Tự viện khi tiến hành thủ tục xin xây dựng hoặc trùng tu, bởi lẽ, chùa không có vốn đầu tư mà hoàn toàn tùy thuộc vào sự đóng góp của bà con Phật tử gần xa, nên thủ tục chậm và lâu vượt quá thời hạn cho phép quản lý về hành chính nhà nước mà không rõ lý do sẽ làm cho nhiều chùa mất cơ hội xây dựng khang trang nhằm phục vụ đồng bào Phật tử.
Sáu là, cấp thành phố là cấp không có thẩm quyền để ban hành chính sách nên chính sách của tôn giáo nói chung và phật giáo nói riêng nằm trong chính sách chung về phát triển KT – XH của địa phương nên khó khăn về nguồn lực để thực hiện. Trong công tác thanh tra, kiểm tra các hoạt động phật giáo còn thiếu sự phối hợp, đồng bộ giữa các ngành nên hiệu quả hiệu quả chưa cao, có nhiều vụ việc phải giải quyết hậu quả.