Tuy nhiên bên cạnh những kết quả đã đạt đƣợc thì công tác cải cách TTHCtheo cơ chế một cửa của quận Hoàng Mai cũng còn tồn tại một số hạn chế nhất định, cụ thể nhƣ:
- Công tác chỉ đạo điều hành tổ chức thực hiện ở một số cơ quan, đơn vị, UBND quận còn thiếu kiên quyết, công tác phối hợp thực hiện giữa các cơ quan đơn vị còn chƣa đồng bộ, hiệu quả. Bên cạnh đó việc thanh tra, kiểm tra còn chƣa đƣợc thực hiện thƣờng xuyên, hoặc có thực hiện nhƣng mang tính hình thức, không có tính nghiêm minh. Việc xem xét, xử lý trách nhiệm đối với các trƣờng hợp sai phạm đôi khi còn chƣa thực sự nghiêm khắc, cả lể, dẫn đến kỷ cƣơng, kỷ luật hành chính tuy đã có nhiều chuyển biến tích cực những nhiều khi còn chƣa đáp ứng đƣợc yêu cầu công việc.
- Nhận thức của một bộ phận cán bộ, công chức và cả ngƣời đứng đầu ở một số đơn vị về công tác cải cách TTHCtheo cơ chế một cửa còn chƣa đầy đủ, dẫn đến chƣa quan tâm thực hiện đúng mức, hiệu quả đạt đƣợcthấp.
- Năng lực, trình độ chuyên môn nghiệp vụ của đội ngũ cán bộ, công chức chƣa đƣợc đồng đều, nhiều vị trí công việc còn yếu, đặc biệt là đối vớicông chức tại Bộ phận tiếp nhận và trả kết quả, công chức trực tiếp thụ lý hồ sơ, dẫn đến giải quyết công việc còn máy móc, thụ động, không có khả năng tham mƣu, tổng hợp, kiến nghị đề xuất những sáng kiến, kinh nghiệm, phát hiện những vấn đề còn khó khăn, bất cập, đề xuất những biện pháp khắc phục. Bên cạnh đó một số cán bộ, công chức còn chƣa làm hết trách nhiệm của mình, việc hƣớng dẫn ngƣời dân chƣa tận tình, chu đáo, thái độ còn hạch sách, gây phiền hà, vẫn còn tình trạng ngƣời dân phải đi lại nhiều lần bổ sung hồ sơ, vẫn còn tình trạng các phòng chuyên môn thụ lý hồ sơ còn chậm trễ, quá hạn chủ yếu tập trung vào các lĩnh vực nhƣ cấp phép xây dựng, cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất và quyền sở hữu nhà, chế độ chính sách,…
Theo kết quả khảo sát của tác giả luận văn, mặc dù có một tỷ lệ khá cao những ngƣời đƣợc hỏi cho rằng hài lòng và tƣơng đối hài lòng với việc tiếp nhận hồ sơ, giải quyết và trả kết quả TTHC, song cũng vẫn còn một tỷ lệ nhất định trả lời chƣa hài lòng, đánh giá thấp về chất lƣợng dịch vụ công của Quận. Cụ thể, 11,46% không hài lòng với việc hƣớng dẫn sửa đổi, bổ sung hồ sơ; 16.67% không hài lòng với cách thức, phƣơng pháp làm việc của cán bộ, công chức giải quyết TTHC; 10,42% không thỏa mãn với kết quả giải quyết TTHC của cán bộ Quận…
- Việc phối hợp trong thực hiện các TTHC liên thông giữa các cơ quan nhà nƣớc còn chƣa đƣợc chặt chẽ, chậm trễ, đôi thi còn chƣa thực hiện hết trách nhiệm của mình, nhất là đối với các cơ quan phối hợp thực hiện TTHC liên thông.
- Mặc dù thành phố và quận đã có gắng tập trung đầu tƣ vào cơ sở vật chất, trang thiết bị cho Bộ phận tiếp nhận hồ sơ và trả kết quả của UBND quận và UBND các phƣờng, nhƣng một số phƣờng Bộ phận tiếp nhận và trả kết quả vẫn chƣa đảm bảo về diện tích tối thiểu 40m2 theo quy định, các trang thiết bị tin học ở một số phƣờng còn thiếu chƣa đáp ứng theo quy định.
- Ứng dụng công nghệ thông tin trong các hoạt động của cơ quan nhà nƣớc, đặc biệt trong thực hiện TTHC một cửa còn chậm, thiếu quy hoạch tổng thể, đầu tƣ còn mang tính nhỏ lẻ, chƣa đƣợc quan tâm đúng mức, hiệu quả thấp, mới chỉ quan tâm đầu tƣ, thực hiện các ứng dụng trong hoạt động của các cơ quan nhà nƣớc, mà chƣa hƣớng đến các dịch vụ, các tiện ích phục vụ ngƣời dân và doanhnghiệp.
- Chế độ chính sách đãi ngộ đối với cán bộ làm công tác tiếp dân, cán bộ làm việc tại Bộ phận tiếp nhận và trả kết quả còn chƣa đƣợc quan tâm đúng mức. Hậu quả là gây khó khăn, tốn kém cả về thời gian, tiền bạc, cơ hội cho ngƣời dân và doanh nghiệp và cho chính cả cơ quan nhà nƣớc; làm giảm
hiệu lực, hiệu quả trong công tác quản lý nhà nƣớc, gây trở ngại cho việc giao lƣu và hợp tác quốc tế, thu hút đầu tƣ nƣớc ngoài; gây ra tệ cửa quyền, bệnh giấy tờ trong hệ thống cơ quan hành chính, là điều kiện thuận lợi cho nạn quan liêu, tham nhũng, lãng phí phát sinh, hoành hành.