- Công tác lập dự toán chi ngân sách xã chưa được coi trọng:
Một số chính quyền xã ở huyện Mai Sơn đối với công tác lập dự toán chi ngân sách vẫn còn bị coi nhẹ, việc lập dự toán chi chỉ mang tính hình thức, đôi khi việc lập dự toán không phù hợp với kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội của địa phương, dẫn đến phải bổ sung, sửa đổi nhiều lần. Có thể thấy việc lập dự toán chi của một số xã, thị trấn còn yếu, làm cho kết quả thực hiện thực tế có sự chênh lệch khá lớn. Ngoài ra việc lập dự toán chi cho một số nội dung như chi khác, chi đầu tư phát triển chưa thật sự sát với tình hình thực tế của từng địa phương, một nguyên nhân nữa là do việc lập dự toán thu của một số xã, thị trấn chưa thật sự sát với tình hình kinh tế - xã hội của địa phương nên chưa thể hiện được hết các khoản thu của xã, dẫn đến dự toán chi cũng thay đổi.
- Công tác chấp hành dự toán chi NSX chưa hợp lý:
Việc chấp hành dự toán bên cạnh những thành công đạt được vẫn còn một số tồn tại như sau:
Đối với các khoản chi thường xuyên: Các khoản chi thường xuyên ở các xã hiện nay chiếm tỷ trọng lớn trong tổng số chi NSX. Các khoản chi cụ thể còn dàn trải, chưa được sắp xếp theo thứ tự ưu tiên. Việc chấp hành các khoản chi NSX chưa được thực hiện theo đúng dự toán do hạn chế của công tác lập dự toán nên ở khâu chấp hành cũng gặp phải một số khó khăn như nhiều khoản chi phát sinh vượt dự toán do chưa được tính toán, xem xét kỹ lưỡng. Nguồn thu hạn chế, không chủ động nhiệm vụ chi, nguồn thu trong thời kỳ ổn định ngân sách gây khó khăn cho điều hành chi. Ngoài ra, việc ghi chép sổ sách kế toán chưa thực sự rõ ràng, phân chia chưa đúng khoản, mục, biểu mẫu chưa thống nhất. Số quyết toán NSX không hoàn toàn là số thực chi mà đôi khi chỉ là số cấp phát. Còn nhiều khoản chi lãng phí, chưa được quản lý chặt chẽ, nhất là chi cho văn phòng phẩm, hội nghị, tiếp khách…
Đối với các khoản chi đầu tư XDCB: Công tác quản lý chi đầu tư XDCB ngoài các kết quả đã đạt được thì vẫn còn tồn tại nhiều hạn chế, điển hình là số chi dành cho đầu tư
XDCB ở xã còn chiếm tỷ trọng rất thấp trong tổng số chi NSX.
Ngoài ra, một số xã chưa chủ động trong việc sắp xếp, bố trí các nhiệm vụ chi trong kế hoạch được giao, chưa chủ động ưu tiên kinh phí cho những nhiệm vụ quan trọng, đột xuất phát sinh, chưa chủ động, tích cực trong việc khai thác các nguồn lực tại cơ sở, vẫn còn tình trạng trông chờ, ỷ lại vào ngân sách cấp trên.Việc thực hiện giải ngân, thanh toán một số nhiệm vụ chi đã được giao trong dự toán đầu năm còn chậm, vẫn còn tình trạng dồn chi vào những tháng cuối năm.
Chủ tịch UBND một số xã, thị trấn chưa thực sự quan tâm đến công tác quản lý tài chính kế toán theo quy định của Luật NSNN và các chế độ kế toán hiện hành. Do vậy việc quản lý chi theo chế độ, định mức vẫn còn sảy ra sai phạm, việc thực hiện các thủ tục mua sắm, sửa chữa, chi thường xuyên vẫn còn thiếu so với quy định.
- Công tác quyết toán chi ngân sách chưa kịp thời:
Thời gian gửi báo cáo quyết toán ngân sách của một số xã, thị trấn còn chậm so với thời gian quy định của Luật Ngân sách Nhà nước; việc thanh toán một số chế độ chính sách cho đối tượng thụ hưởng chưa đúng so với quy định.