Về Tổ chức bộ máy quản lý khai thác công trình Thủy lợi của Công ty TNHH - MTV Thủy lợi Phúc Yên về cơ bản đáp ứng yêu cầu Thông tư 06/1998/TT-BNN-TCCB và Thông tư 40/2011/TT-BNNPTNT và Điều lệ của Công ty. Tuy nhiên, tổ chức bộ máy hiện nay vẫn còn thiếu nhiều cán bộ công nhân viên chưa đảm bảo dây chuyền sản xuất, trong điều kiện Công ty chưa được UBND tỉnh phê duyệt định mức kinh tế kỹ thuật, kinh phí đặt hàng chủ yếu là nguồn kinh phí thủy lợi phí nhà nước hỗ trợ cho nông dân. Công ty có một số giải pháp cụ thể để đáp ứng được yêu cầu sản xuất, phục vụ nông nghiệp nhằm đạt hiệu quả cao nhất.
Hầu hết các công trình thủy lợi do Công ty quản lý được xây dựng và đưa vào vận hành khai thác đã nhiều năm nên đều đã bị xuống cấp. Mặc dù trong những năm qua nhiều tuyến kênh và công trình đầu mối được kiên cố hoá nhưng chủ yếu tập trung ở hệ thống công trình như: Cải tạo nâng cấp Trạm Bơm(TB) Đại Phùng I, TB Đại Phùng II, sông Cà lồ cụt đoạn trên địa phận thành phố Phúc Yên và Nạo vét luồng tiêu Đầm Rượu- Tam Báo, cải tạo nâng cấp TB Đầm Kẻ, TB Tân Lợi xã Tiền Châu. Các
công trình khác chưa được đầu tư đồng bộ nên hiệu quả tưới chưa được nâng cao rõ rệt. Còn rất nhiều công trình hồ chứa được xây dựng nhiều năm đã bị xuống cấp do vậy Công ty gặp rất nhiều khó khăn trong quá trình quản lý công trình cũng như điều phối nước cấp cho sản xuất nông nghiệp và các nhu cầu dùng nước khác.
Chính quyền ở một số cơ sở chưa thường xuyên quan tâm đến công tác quản lý, khai thác công trình thuỷ lợi. Vẫn còn tư tưởng bao cấp về quản lý và tu sửa công trình thủy lợi ở cơ sở và trong người dân. Các đơn vị quản lý công trình cơ sở Tổ đội thủy nông, HTX dịch vụ nước còn kiêm nhiệm nhiều việc của phường xã nên chưa thực sự chú trọng và quan tâm nhiều đến công tác quản lý, khai thác công trình thuỷ lợi. Tổ chức chưa chặt chẽ, cơ chế tài chính cho họat động chưa hợp lý nên người lao động không gắn bó nhiều với công việc. Ý thức của người dân trong việc bảo vệ hành lang công trình chưa cao, hiện tượng vi phạm hành lang công trình vẫn xảy ra ở một số địa phương.
Mặt khác do hiện tượng biến đổi khí hậu nên, trong những năm gần đây thời tiết có nhiều diễn biến bất thường. Tình hình mưa lũ xảy ra dồn dập với thời gian ngắn và cường độ mạnh hơn, hiện tượng hạn hán xảy ra trên diện rộng và thường xuyên, một số công trình ngày càng xuống cấp. Việc đô thị hóa phát triển nhanh dẫn đến hiện tượng vi phạm lấn chiếm hành lang công trình, hành lang kênh mương xảy ra thường xuyên và ngày càng diễn biến phức tạp làm ảnh hưởng tiêu cực đến việc vận hành, tích trữ nước và phòng lũ của các hồ chứa dẫn đến nguy cơ gây mất an toàn công trình.