Hầu hết cỏc cụng trỡnh thủy lợi do Cụng ty quản lý được xõy dựng và đưa vào vận hành khai thỏc đó nhiều năm nờn đều đó bị xuống cấp. Mặc dự trong những năm qua nhiều tuyến kờnh và cụng trỡnh đầu mối được kiờn cố hoỏ nhưng chủ yếu tập trung ở hệ thống cụng trỡnh ... cũn cỏc cụng trỡnh khỏc chưa được đầu tư đồng bộ
nờn hiệu quả tưới chưa được nõng cao rừ rệt, đó cú nhà quản lý nhưng hiện đó xuống cấp.
Chớnh quyền ở một số cơ sở chưa thường xuyờn quan tõm đến cụng tỏc quản lý, khai thỏc cụng trỡnh thuỷ lợi.Vẫn cũn tư tưởng bao cấp về quản lý và tu sửa cụng trỡnh thủy lợi ở cơ sở và trong người dõn. Cỏc đơn vị quản lý cụng trỡnh cơ sở Tổ đội thủy nụng, HTX dịch vụ nước chưa được chớnh quyền địa phương quan tõm tổ chức chặt chẽ, cơ chế tài chớnh cho họat động chưa hợp lý nờn người lao động
khụng gắn bú với cụng việc. í thức của người dõn trong việc bảo vệ hành lang cụng trỡnh chưa cao, hiện tượng vi phạm hành lang cụng trỡnh vẫn xảy ra ở một số địa phương.
Một số đơn vị sử dụng nước chưa chấp hành quy định nộp tiền nước theo Nghị định
115/2008 ngày 13/11/2008 của Chớnh phủ và nghị định 67/2012/NĐ-CP ngày
10/9/2012 của Chớnh phủ về việc sửa đổi, bổ sung một số điều của nghị định 143/2003/NĐ-CP ngày 28/11/2003 của Chớnh phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Phỏp lờnh khai thỏc và bảo vệ cụng trỡnh thủy lợi và Thụng tư số
11/2009/TT-BTC ngày 21/1/2009 V/v hướng dẫn đặt hàng, giao kế hoạch đối với cỏc đơn vị làm nhiệm vụ quản lý khai thỏc cụng trỡnh thuỷ lợi.
Mặt khỏc do hiện tượng biến đổi khớ hậu nờn, trong những năm gần đõy thời tiết cú
nhiều diễn biến bất thường. Tổng lượng mưa hàng năm trờn địa bàn cú xu hướng giảm dần, mưa lũ xảy ra dồn dập với thời gian ngắn và cường độ mạnh hơn, hiện tượng hạn hỏn sảy ra trờn diện rộng và thường xuyờn, một số cụng trỡnh ngày càng xuống cấp. Việc đụ thị húa phỏt triển nhanh dẫn đến hiện tượng vi phạm lấn chiếm hành lang cụng trỡnh, hành lang kờnh mương xảy ra thường xuyờn và ngày càng diễn biến phức tạp làm ảnh hưởng tiờu cực đến việc vận hành, tớch trữ nước và phũng lũ dẫn đến nguy cơ gõy mất an toàn cụng trỡnh.
Cụng ty cũn khú khăn về kinh phớ để duy tu, sửa chữa giữ cấp cỏc cụng trỡnh.