Nhật Bản có nền cơng nghiệp và dịch vụ phát triển, nhưng họ vẫn chú trọng vào phát triển nơng nghiệp. Chính phủ Nhật Bản đã ban hành hàng loạt pháp lệnh và chính sách hỗ trợ nơng nghiệp có ảnh hưởng sâu sắc, lâu dài, tất cả các bộ luật này đã cấu thành một hệ thống hồn chỉnh, tạo hành lang pháp lý để cơng cuộc xây dựng nông thôn mới được tiến hành thuận lợi. Thời gian đầu, công cuộc xây dựng nơng thơn mới ở Nhật Bản do Chính phủ đóng vai trị chủ đạo. Trong phong trào xây dựng làng xã, dân cư các vùng tự căn cứ vào nhu cầu của địa phương để đề xuất, thực hiện việc xây dựng, thực thi quy hoạch, đến việc lựa chọn sản phẩm trong phong trào “mỗi làng một sản phẩm”.
Về mặt tổ chức Hợp tác xã nông nghiệp Nhật Bản, đứng đầu là Liên hiệp Hợp tác xã nông nghiệp Nhật Bản (JA) bao gồm: Liên hiệp Hợp tác xã nông nghiệp quốc gia Nhật Bản, phân theo ngành kinh tế thì các Liên đồn ở cấp Trung ương (Liên đoàn thịnh vượng Hợp tác xã nơng nghiệp quốc gia; Liên đồn tín dụng Hợp tác xã nông nghiệp quốc gia; Ngân hàng nông nghiệp, lâm nghiệp và thuỷ sản; Liên
hiệp Hợp tác xã nông nghiệp quốc gia Nhật Bản (ZEN-NOH), Liên đoàn bảo hiểm Hợp tác xã nông nghiệp quốc gia, Tổng cơng ty du lịch Nokyo; ngồi ra cịn có Liên đồn xuất bản và thơng tin Hợp tác xã nông nghiệp quốc gia, hiệp hội IE-NO- HIKARI về các hoạt động xuất bản, giáo dục và văn hố). Cấp địa phương có Liên hiệp Hợp tác xã nơng nghiệp và Liên đoàn Hợp tác xã địa phương hoặc văn phịng của các Liên đồn Quốc gia. Ở cấp thành phố, làng thì có Hợp tác xã nơng nghiệp đa chức năng sơ cấp.
Dịch vụ đầu vào cho sản xuất nông nghiệp
Đối với dịch vụ cung ứng vật tư cho sản xuất nông nghiệp, Liên hiệp Hợp tác xã nông nghiệp quốc gia Nhật Bản (ZEN-NOH), đã chiếm 55% thị phần của 15 loại phân bón chính; chiếm 37% thị phần các loại hố chất nơng nghiệp; chiếm 30% thị phần phân phối thức ăn tổng hợp. Việc phân phối, cung cấp dịch vụ sản xuất nông nghiệp cho xã viên được thực hiện theo hệ thống xuyên suốt từ ZEN-NOH đến Hợp tác xã nông nghiệp đa chức năng sơ cấp.
Dịch vụ tiếp thị và tiêu thụ nông sản
Hệ thống Hợp tác xã nông nghiệp của Nhật Bản là cầu nối giữa người sản xuất và người tiêu dùng nhằm mục tiêu đưa nông sản từ người sản xuất đến người tiêu dùng với chất lượng, giá cả, và thời gian nhanh nhất. Việc tiếp thị và phân phối hàng nông sản được thực hiện qua các khâu: phối hợp cùng vận chuyển - phối hợp lựa chọn sản phẩm - phối hợp tiêu thụ - phối hợp điều chỉnh cung cầu để ổn định giá cả và có thể điều chỉnh giá cả theo mùa, tránh trung gian ép giá, nâng cao sức cạnh tranh của các sản phẩm, cân đối được cung sản xuất và cầu tiêu dùng.
Hoạt động chế biến nông sản
Hợp tác xã nông nghiệp thực hiện chế biến theo ba loại: Chế biến và tiêu thụ nông sản; kết hợp sử dụng tập thể các phương tiện chế biến; mua hàng và chế biến. Trong hệ thống Hợp tác xã nơng nghiệp Nhật Bản đã hình thành các cơ sở chế biến hàng nông sản theo kỹ thuật chế biến sản phẩm cổ truyền và phát triển mặt hàng mới theo mơ hình "mỗi làng một sản phẩm".
Hoạt động tín dụng
tiếp nhận vốn cho vay, hỗ trợ lãi suất từ Chính phủ và huy động vốn từ các xã viên có tiền nhàn rỗi, nhằm đảm bảo cung cấp nguồn vốn dài hạn với lãi suất thấp cho xã viên có nhu cầu vay để sản xuất nơng nghiệp. Tổ chức tín dụng Hợp tác xã nơng nghiệp còn tiến hành nhiều hoạt động như chiết khấu hoá đơn, giao dịch trao đổi trong nước, bảo lãnh pháp lý, giao dịch ngoại hối.
Dịch vụ hướng dẫn nhà nông, hỗ trợ đào tạo
Là kênh kết nối giữa hệ thống khuyến nông quốc gia với nông dân, với hơn 14.380 cố vấn nhà nông làm việc trên khắp cả nước, Hợp tác xã nông nghiệp Nhật Bản đã hợp tác chặt chẽ với các tổ chức hành chính, cán bộ khuyến nơng, các trạm nghiên cứu, trạm vệ sinh dịch tễ, bác sỹ thú y,.. tiến hành chuyển giao các tiến bộ khoa học kỹ thuật, hướng dẫn trực tiếp người dân áp dụng các tiến bộ kỹ thuật như giống mới, chuyển đổi cơ cấu cây trồng, quy trình chăm bón, giảm chí phí sản xuất bằng việc khuyến khích người dân tham gia sử dụng các cơ sở vật chất, trang thiết bị kỹ thuật sản xuất nông nghiệp mới, vật tư đầu vào và thị trường đầu ra.