CHƯƠNG 2 NGUYÊN VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP
2.1. NGUYÊN LIỆU, THIẾT BỊ
2.1.1. Nguyên liệu và hóa chất
2.1.1.1. Nguyên liệu
- 5 chủng xoắn khuẩn Leptospira interogans đang được sử dụng để sản xuất vắc xin tại Việt Nam: L. bataviae, L. canicola, L. grippotyphosa, L. icterohaemorrhagiae, L. pomona do Trung tâm Chẩn đoán Thú y Trung ương cung cấp.
- Chuột nhắt trắng, chủng Swiss, khỏe mạnh, khối lượng 20 ± 2g, do Công ty Cổ phần Thuốc thú y Trung ương cung cấp.
- Trình tự gen OmpL1 của năm chủng xoắn khuẩn Leptospira interogans đã được nghiên cứu trước đó.
- Vector pJET1.2/blunt (Thermo Fisher), chủng vi khuẩn E. coli DH5α, vector pET32a/blunt, chủng biểu hiện E. coli BL21.
2.1.1.2. Hóa chất
Các hóa chất được sử dụng: DreamTad DNA polymerase, dNTP, enzyme cắt giới hạn EcoRV và XhoI, T4 ligase, 1kb DNA Ladder, 6X DNA loading dye (Thermo); Anapure Plasmid Mini kit (Anabio R&D JSC); môi trường LB.
2.1.2. Thiết bị và dụng cụ nghiên cứu
2.1.2.1. Thiết bị
Các thiết bị được sử dụng trong nghiên cứu: Máy PCR Veriti (AB); máy soi gel UVP; máy ly tâm lạnh 5424R và 5810R, máy lắc, bể ổn nhiệt, máy đo UV Biospectrometer (Eppendoft); box an toàn sinh học cấp II (ESCO); hệ thống sắc ký tự động AKATAprime Plus (GE Healthcare); tủ lạnh 4oC, -20oC, -80oC, tủ ấm, bộ điện di, máy siêu âm Qsonica.
2.1.2.2. Dụng cụ thí nghiệm
Các dụng cụ thí nghiệm được sử dụng bao gồm: Đĩa petri; ống falcon: 15ml, 50ml; ống eppendorf: 200 µl, 500 µl, 1,5 ml; ống PCR; pipet: 1-10 µl, 10-100 µl; 100-1000 µl; đầu tip: 10 µl, 200 µl, 1000 µl; lọ penicillin, lọ thủy tinh, bình tam giác: 250ml, 500ml; que cấy.
2.1.2.3. Phần mềm phân tích
- Phần mềm thiết kế mồi Primer3
(http://frodo.wi.mit.edu/primer3/);
- Cơng cụ phân tích dự đốn vị trí quyết định kháng nguyên (epitope) IEDB (http://iedb.org).
- Các phần mềm phân tích trình tự: BioEdit, MEGA6.