Ở thực vật pectin tồn tại chủ yếu ở 2 dạng là pectin hịa tan và protopectin khơng hịa tan. Dƣới tác dụng của acid, enzyme protopectinaza hoặc khi gia nhiệt thì protopectin chuyển thành pectin. Mức độ hịa tan trong nƣớc của pectin tỉ lệ nghịch với kích thƣớc phân tử và tỷ lệ thuận với mức độ methoxyl hĩa, ngồi ra mức độ tan trong nƣớc của pectin cịn chịu ảnh hƣởng của các yếu tố nhƣ nồng độ chất tan, độ pH và nhiệt độ của dung dịch, mức độ methoxyl hĩa càng cao thì khả năng tạo đơng càng cao. Khi sử dụng cần phải hịa tan pectin vào nƣớc, khi pectin hút đủ nƣớc thì mới sử dụng ở cơng đoạn cuối chế biến.
Các pectin đều là những chất keo háo nƣớc cĩ khả năng hydrate hĩa cao nhờ sự gắn các phân tử nƣớc vào nhĩm hydroxyl của chuỗi polymethyl galacturonic. Ngồi ra, trong phân tử pectin cĩ mang điện tích âm nên chúng cĩ khả năng đẩy lẫn nhau làm giãn mạch và làm tăng độ nhớt của dung dịch. Khi làm giảm độ tích điện và hydrat hĩa sẽ làm cho sợi pectin xích lại gần nhau và tƣơng tác với nhau tạo nên một mạng lƣới ba chiều rắn chứa pha lỏng ở bên trong.
Sự tƣơng tác giữa protein và peptide với pectin dẫn đến sự hình thành các phức hịa tan và khơng hịa tan mà cấu trúc của chúng phụ thuộc vào tỷ lệ của các biopolymer và pH. Trong quá trình này, các liên kết cộng hĩa trị giữa các dƣ lƣợng tyrosine của protein và nhĩm carboxyl acid uronic của pectin đƣợc hình thành, cĩ thể dẫn đến sự hình thành của một mạng lƣới pectin. Cĩ một giả thuyết khác, theo đĩ các protein tạo thành các phức hợp ion với pectin.
Các protein hình cầu, nhƣ albumin huyết thanh ở bị (BSA) và β- lactoglobulin, hình thành gel, và sự pha trộn của các gel với LM pectin dẫn đến sự hình thành các loại gel hỗn hợp. Trong quá trình hình thành gel, sẽ cĩ sự cạnh tranh động học giữa sự hình thành gel và quá trình tách pha. Việc kiểm sốt tỷ lệ tƣơng đối của các quá trình này bởi các yếu tố bên ngồi, chẳng hạn nhƣ điều kiện mơi trƣờng, dẫn đến một phổ rộng các cấu trúc vi mơ. Sự hình thành của gel trong quá trình tƣơng tác giữa polysaccharides và protein hình cầu ở pectin đã đƣợc nghiên cứu rộng rãi. Một loạt các cấu trúc và tính chất lƣu biến của các gel kết quả đã đƣợc mơ tả khác nhau tùy thuộc vào tính chất của biopolyme và điều kiện tạo gel. Ngƣời ta thấy rằng sự hiện diện của cation Na+
và Ca2+ và tỷ lệ của chúng đĩng một vai trị quyết định trong sự hình thành gel của hỗn hợp các protein hình cầu với pectin. Tăng lƣợng pectin và nồng độ canxi làm cho hỗn hợp gel cứng hơn.
Trong quá trình hình thành và dự trữ gel, phản ứng giữa pectin và protein hoặc peptide cĩ thể xảy ra sự hydroxyl của các nhĩm ester trong pectin, decarboxyl, hoặc hydroxyl của glycoside do sự hiện diện của pectinase trong hỗn hợp. Các quá trình này nên đƣợc xem xét trong quá trình sản xuất gel pectin - protein.