Trong giai đoạn 2011-2013, bên cạnh những thành tích đạt được như đã nói ở phần trên, tại ngân hàng TMCP Kỹ Thương Việt Nam vẫn còn một số hạn chế sau:
Tuy rằng dư nợ tín dụng tăng qua các năm nhưng chất lượng tín dụng của Ngân hàng trong 3 năm qua vẫn còn có những rủi ro tiềm ẩn. Tỷ lệ nợ quá hạn, nợ xấu của
Ngân hàng năm sau cao hơn năm trước và vẫn đang có biểu hiện gia tăng cần phải xử lý. Nợ quá hạn của Ngân hàng luôn ở mức rất cao, tới gần 10% tổng dư nợ. Và đặc biệt là năm 2013, tỷ lệ nợ quá hạn và nợ xấu đều đã vượt quá mức cho phép. Nguy cơ phát sinh nợ quá hạn còn tiềm ẩn, một số khoản nợ tuy chưa đến hạn nhưng chất lượng thấp. Cũng do tỷ lệ nợ quá hạn và nợ xấu cao, nhất là sự tăng lên của nợ nhóm 4 và nhóm 5, điều này đã khiến Ngân hàng phải tăng cường công tác trích lập dự phòng rủi ro. Chi phí trích lập dự phòng rủi ro tăng nhanh đã ít nhiều tác động bất lợi đến kết quả kinh doanh của Ngân hàng.
Với quyết định 780/NHNN, các ngân hàng đều có khuynh hướng đánh giá hoạt động sản xuất kinh doanh của khách hàng có chiều hướng tích cực và có khả năng trả nợ tốt sau khi điều chỉnh kỳ hạn trả nợ để giữ nguyên nhóm nợ như đã được phân loại. Việc để các ngân hàng tự xem xét gia hạn cho các khoản nợ này chắc chắn dẫn đến tình trạng các Ngân hàng sẽ vận dụng mọi cách linh hoạt, con số nợ xấu không được phản ánh đúng thực chất. Ta có thể thấy trong BCTC của Techcombank, năm 2012, các khoản nợ được giữ nguyên nhóm sau khi điều chỉnh kỳ hạn trả nợ lên đến hơn 6.892 tỷ đồng, chiếm hơn 10% tổng dư nợ. Năm 2013, con số này là 6.807 tỷ đồng, chiếm 9,7% tổng dư nợ. Khó có thể tin tưởng rằng tất cả các khoản nợ này đều có chiều hướng tích cực và khả năng trả nợ tốt trong bối cảnh tình hình thị trường khủng hoảng như giai đoạn 2011-2013.
Các biện pháp đôn đốc thu hồi nợ quá hạn chưa đạt hiệu quả cao. Một số khoản nợ quá hạn đã được xử lý bằng nhiều biện pháp nhưng tốc độ thu hồi rất chậm. Một số món vay không nguồn trả nợ nào khác ngoài tài sản thế chấp, khi không phát mại được tài sản, các tài sản đó trở thành các tài sản tồn đọng, việc khai thác tài sản xiết nợ cũng rất hạn chế.
Thông tin tín dụng của Ngân hàng thu thập chưa được tốt, cán bộ tín dụng phải thu thập từ nhiều nguồn thông tin khác nhau nhưng với độ chính xác không cao. Việc thông tin tín dụng chưa được tốt đã tạo ra không ít khó khăn cho Ngân hàng và là một trong những nguyên nhân gây ra rủi ro tín dụng và tình trạng chất lượng tín dụng chưa được cao tại Ngân hàng trong những năm qua. Đối với những dự án cho vay trung - dài hạn thì chất lượng công tác thu thập thông tin, thẩm định chưa được kĩ lưỡng. Tất cả mới chỉ dừng lại ở việc đánh giá, so sánh chỉ tiêu, các hệ số theo như bản dự án đầu
tư của người vay vốn, chứ chưa có được một hệ thống thông tin đầy đủ về các chỉ tiêu trung bình của ngành để tiến hành so sánh, chưa đi sâu đánh giá về chủng loại, giá thành, thị trường, công suất thiết kế máy móc thiết bị,... Một số nhân viên ngân hàng cũng không có đủ khả năng, kiến thức chuyên môn để có thể đánh giá được cụ thể và đầy đủ do đó khó tránh khỏi rủi ro.
Trong phần chứng khoán đầu tư của Techcombank, ta có thể thấy trọng tâm phần này là đến từ Chứng khoán nợ (Trái phiếu) do các tổ chức kinh tế và tín dụng phát hành trong của cả sẵn sàng để bán và giữ đến ngày đáo hạn (tầm hơn 39 ngàn tỷ đồng năm 2012 và gần 40 tỷ đồng năm 2013, năm 2011 chỉ tầm 33 nghìn tỷ đồng). Trái phiếu doanh nghiệp là một giải pháp không thể tuyệt với hơn để các ngân hàng có thể duy trì cho vay mà không phải trích lập dự phòng và dễ dàng lách trần tăng trưởng tín dụng và lách được cả tổng dư nợ cho vay đối với một khách hàng không được quá 15% vốn tự có. Tuy nhiên trong quá trình phát hành trái phiếu doanh nghiệp hiện nay vẫn chưa có điều khoản nào cho phép bên mua trái phiếu (ngân hàng) kiểm soát mục đích sử dụng vốn của bên bán, như vậy phần lớn rủi ro sẽ nằm ở bên mua.
Việc bán bớt nợ xấu cho VAMC và dư nợ cho vay tại Techcombank có chiều hướng tăng lên đã góp phần thu hẹp tỷ lệ nợ xấu chung của toàn ngân hàng. Nhưng thực tế cơ cấu nợ xấu như trên, cho thấy tình trạng nợ xấu trong Ngân hàng vẫn còn rất đáng lo ngại. Bên cạnh đó, động thái mua lại nợ xấu của VAMC đến nay mới chỉ giống như một hình thức trì hoãn giúp các ngân hàng giảm được tỷ lệ nợ xấu và có cơ hội vay vốn tại NHNN để tăng trưởng tín dụng. Còn trên thực tế, kế hoạch chi tiết hay hướng xử lý những khoản nợ xấu VAMC đã mua về vẫn chưa có gì cụ thể. Như vậy, Ngân hàng luôn phải chuẩn bị sẵn sàng cho việc nhận lại số nợ xấu này sau 5 năm, và nếu không có những biện pháp từ ngay bây giờ, có thể sẽ ảnh hưởng xấu tới hoạt động kinh doanh của ngân hàng trong tương lai.
Thực đơn tín dụng còn đơn giản. Hiện nay Ngân hàng mới thực hiện phương thức cho vay vốn lưu động theo món, cho vay vốn lưu động theo hạn mức tín dụng, cho vay theo dự án đầu tư, thấu chi đối với doanh nghiệp. Đối với khách hàng cá nhân thì các sản phẩm cho vay còn hạn chế, mới chỉ dừng ở 5 loại cho vay đó là cho vay bất động sản, cho vay tiêu dùng, cho vay mua ô tô, cho vay hộ kinh doanh và cho vay cầm cố tiền tiết kiệm.
Trong cơ cấu cho vay của ngân hàng Kỹ Thương Việt Nam theo ngành nghề ta thấy có sự gia tăng đột biến của việc cho vay bất động sản. Nhưng theo nhiều chuyên gia nhận xét, khả năng phục hồi của thị trường bất động sản trong năm 2014 là chưa rõ ràng, thậm chí, nhiều dự đoán bi quan còn cho rằng có thể năm 2014 mới là năm “đáy” của bất động sản khi tất cả những chính sách hỗ trợ đều đã vô tác dụng. Như vậy, việc gia tăng nhanh chóng của những khoản cho vay bất động sản năm 2013 có thể dẫn tới những tác động tiêu cực tới chất lượng tín dụng của ngân hàng những năm sắp tới.
Như đã nói ở trên, từ năm 2012, công ty Quản lý và Khai thác tài sản TechcomAMC đã ngừng cung cấp các dịch vụ như: Quản lý tòa nhà, Hỗ trợ tín dụng, Phát triển mạng lưới, Định giá, cộng với những khó khăn chung của nền kinh tế nên kết quả hoạt động kinh doanh có giảm mạnh so với các năm trước đó.