Hệ thống kiểm soát nội bộ có một vai trò quan trọng, quyết định sự thành bại của một doanh nghiệp nói chung và của một TCTD nói riêng. Cuối những năm 80, khi một loạt các công ty của Hoa Kỳ bị đổ vỡ, người ta đã xác minh được nguyên nhân chính của sự đổ vỡ là do HTKSNB của các công ty này yếu kém. Kể từ đó, khái niệm HTKSNB ra đời và tất cả các doanh nghiệp, đặc biệt là các NH hiện đại trên thế giới ngày càng quan tâm đến mức độ đầy đủ, tính hiệu lực của HTKSNB (Vũ Thúy Ngọc, 2006).
Vai trò của một hệ thống KSNB vững mạnh trong NHTM: đảm bảo tính chính xác của các số liệu kế toán và BCTC của NH; giảm bớt rủi ro gian lận hoặc vụ lợi đối với NH do bên thứ ba hoặc nhân viên của NH gây ra; giảm bớt rủi ro sai sót không cố ý của nhân viên có thể gây tổn hại cho NH; giảm bớt rủi ro không tuân thủ chính sách và quy trình kinh doanh của NH; ngăn chặn việc tiếp xúc những rủi ro không cần thiết do quản lý rủi ro chưa đầy đủ.
Thông thường, khi NH phát triển thì lợi ích của một HTKSNB cũng trở nên to lớn hơn vì người chủ NH sẽ gặp nhiều khó khăn hơn trong việc giám sát và kiểm soát các rủi ro này nếu chỉ dựa vào kinh nghiệm giám sát trực tiếp của bản thân.
Đối với những NH tồn tại sự tách biệt lớn giữa người quản lý và cổ đông, một HTKSNB vững mạnh sẽ góp phần tạo nên sự tin tưởng cao của cổ đông. Xét về điểm này, một HTKSNB vững mạnh là một nhân tố của một hệ thống quản trị vững mạnh và điều này rất quan trọng đối với các NH có nhà đầu tư bên ngoài. Các nhà đầu tư sẽ thường trả giá cao hơn cho những NH có rủi ro thấp hơn.