Sau ba cuộc cải cách giáo dục (1950, 1956 và 1979) giáo dục Việt Nam có nhiều thành quả nổi bật, phục vụ đắc lực cho nền kinh tế kế hoạch hóa tập trung bao cấp. Nhưng đến năm 1986, khi đất nước vận hành theo cơ chế thị trường có sự quản lý của nhà nước theo định hướng xã hội chủ nghĩa thì giáo dục đại học về quy mô
giảm, người dạy và người học thiếu động lực dạy và học, cơ sở vật chất thiếu thốn và lạc hậu, tài chính đầu tư cho giáo dục khó khăn, quản lý trì trệ.
Đại hội Đảng Cộng sản Việt Nam lần thứ 6 (12/1986) đề ra đổi mới giáo dục theo đường lối kinh tế - xã hội toàn diện và sâu sắc. Năm 1987 hội nghị Hiệu trưởng đại học toàn quốc đã thống được những giải pháp tình thế đổi mới giáo dục để tiến hành trên cả nước, đến tháng 8 năm 1993 hội nghị Hiệu trưởng đại học và cao đẳng toàn quốc đánh giá giáo dục đại học có những chuyển biến đáng kể, xây dựng được nền tảng cho sự phát triển những năm tới, và coi là khởi đầu một giai đoạn phát triển mới của giáo dục đại học.
Sau hơn hai mươi năm đổi mới liên tục (trong đó có 5 năm thực hiện chiến lược phát triển giáo dục 2001 - 2010), giáo dục đại học đã đạt được một số kết quả khả quan: số đội ngũ có trình độ đại học được đào tạo chủ yếu trong nước, chương trình đào tạo được chỉnh theo chương trình khung, quy trình đào tạo điều chỉnh tiếp cận nhiều hơn theo học chế tín chỉ. Nhưng nhìn chung chất lượng còn thấp, học thiếu thực hành, mạng lưới các trường chưa hợp lý, chương trình đào tạo thiếu linh hoạt và kém liên thông. Trước tình hình đó ngày 02 tháng 11 năm 2005 Chính phủ đã ban hành Nghị quyết số 14/2005/NQ-CP về đổi mới cơ bản và toàn diện giáo dục đại học Việt Nam giai đoạn 2006 - 2020, trước mắt tập trung cho giai đoạn 2006- 2010.
Sau 5 năm thực hiện giai đoạn hai của chiến lược giáo dục theo Nghị quyết trên, giáo dục đại học nước ta hiện nay vẫn còn hạn chế lớn nhất là chất lượng đào tạo chưa đáp ứng được đòi hỏi của sự phát triển kinh tế - xã hội của đất nước, mất đi lợi thế cạnh tranh quan trọng về chất lượng và số lượng nguồn nhân lực trình độ cao cho sự nghiệp công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước. Đảng, Quốc hội khóa XII, Nhà nước đã chỉ ra nhiều nguyên nhân dẫn đến yếu kém trên, nhưng nguyên nhân căn bản là sự yếu kém trong quản lý nhà nước về giáo dục đại học và yếu kém trong quản lý của bản thân các trường đại học. Trước tình hình đó, ngày 27 tháng 2 năm 2010 Chính phủ ban hành chỉ thị 296/CT-TTg về đổi mới giáo dục đại học giai đoạn 2010 - 2012, để thực hiện chỉ thị này Bộ Giáo dục đã ban hành chương trình hành
động về đổi mới quản lý giáo dục đại học được xem là khâu đột phá để cải thiện chất lượng, phát triển toàn diện giáo dục đại học Việt Nam.