Qua kết quả nghiên cứu thực trạng quản lý giáo dục đạo đức ở các trường những hạn chế, bất cập tồn tại có thể do một số nguyên nhân sau đây:
* Nguyên nhân khách quan:
+ Do các cấp lãnh đạo và xã hội đánh giá việc giáo dục ở các trường thường nghiêng về chất lượng văn hoá (tỷ lệ đậu tốt nghiệp lớp 12 và đại học) nhiều hơn là chất lượng về đạo đức, vì thường quan niệm học lực kém, văn hoá kém sẽ đi đôi với ý thức kém. Điều này đã phần nào ảnh hưởng đến sự nhận thức của các cán bộ quản lý và ảnh hưởng đến việc xác định mục tiêu giáo dục của nhà trường.
+ Do ảnh hưởng của gia đình và môi trường xã hội phần nào ảnh hưởng đến hiệu quả giáo dục đạo đức của nhà trường.
+ Do phần lớn GVCN mới ra trường, tuổi đời, tuồi nghề còn ít nên thiếu kinh nghiệm về cuộc sống lẫn biện pháp giáo dục.
+ Mặt khác do tiền lương không phù hợp với tình hình giá cả thị trường hiện nay (700.000 đ/ 1 tháng), giáo viên phải làm thêm nghề phụ hoặc đi dạy một số trường nên ít quan tâm và đầu tư công sức vào công tác chủ nhiệm.
* Nguyên nhân chủ quan:
+ Các cán bộ quản lý chưa đánh giá đúng vai trò của giáo dục nhà trường là chủ đạo và quyết định trong việc hình thành và phát triển nhân cách cho học sinh, đặc biệt trong giáo dục đạo đức. Vì vậy việc xây dựng kế hoạch giáo dục đạo đức cụ thể trong từng giai đoạn thường bị xem nhẹ và chưa đặt ngang tầm với việc xây dựng kế hoạch giảng dạy. Thường kế hoạch giáo dục đạo đức chỉ đưa vào một phần kế hoạch của năm và sau đó ít được triển khai vào các hoạt động của trường.
+ Công tác giáo dục đạo đức chưa được tuyên truyền rộng rãi trong tập thể giáo viên, nên việc nhận thức đầy đủ về công tác này chưa nhiều.
+ Do việc chỉ đạo quản lý giáo dục đạo đức ở các trường còn nhiều nhược điểm như: Chưa có sự thống nhất giữa các trường về hệ thống chỉ đạo, chưa có sự chỉ đạo chặt chẻ cho giáo viên bộ môn tham gia giáo dục đạo đức.
Việc chỉ đạo GVCN làm công tác giáo dục đạo đức cũng chưa thực sự sâu sắc (lấy giờ giáo dục đạo đức dạy văn hoá, hoặc không tận dụng hết giờ sinh hoạt chủ nhiệm, hoạt động của GVCN chủ nhiệm cũng chưa thực sự tập trung và đạt hiệu quả cao). Vì vậy công tác chủ nhiệm ở các trường nói chung chỉ đạt mức trung bình.
+ Sự phối hợp của GVCN với phụ huynh và các lực lượng giáo dục trong trường chưa tốt do GVCN thiếu nhiệt tình và phụ huynh chưa quan tâm đúng mức (chỉ tiếp xúc khi được mời hoặc không tiếp xúc vì quá bận).
+ Hoạt động của Đoàn thanh niên trong giáo dục đạo đức chưa thật sự toàn diện và hiệu quả ở mức không cao. Do Bí thư đoàn thanh niên là giáo viên kiêm nhiệm phải giảng dạy trung bình từ 4 –12 tiết trong một tuần nên thời gian đầu tư vào các hoạt động Đoàn có hạn. Thời gian dành cho Đoàn thanh niên sinh hoạt dưới cờ quá ít khoảng 30 phút nên chất lượng chưa cao, mặt khác nội dung sinh hoạt chỉ đơn thuần là đánh giá thi đua của tuần và nhắc nhở học sinh vi phạm nội qui vì vậy chất lượng giáo dục đạo đức của Đoàn chưa cao.
+ Thực hiện xã hội hoá giáo dục đạo đức, hầu như ở các trường đều làm chưa tốt, một phần là do các CBQL chưa quyết tâm và sự nhận thức của xã hội về vấn đề này chưa nhiều.
+ Việc đánh giá, khen thưởng ở các trường còn nhiều hạn chế (chưa có tiêu chí đánh giá công tác của GVCN cụ thể, hoặc tiêu chí không rõ ràng và chỉ 1 trong 5 trường có khen GVCN xuất sắc). Vì vậy không có tác dụng kích thích động viên người làm nhiệm vụ.