Tương tác giữa gen và môi trường (G x E) là một chức năng của những biến đổi về môi trường của những tính trạng về sinh lý, kiểu hình, hình thái, kiểu gen của các giống (Nachit và cộng sự,1992)[134]. Việc xác định các yếu tố nguyên nhân của ảnh hưởng G x E có một tầm quan trọng chủ yếu cho việc chọn lọc tính ổn định hoặc giới thiệu những giống cụ thể cho môi trường. Epinat-Le Signor và cộng sự (2001) [81] nghiên cứu với 132 tổ hợp ngô lai trên 229 môi trường trong 12 năm. Hiệp phương sai kiểu gen được dùng để phân tích về tổng của các ngày tăng trưởng cần thiết từ gieo đến nở hoa và từ nở hoa cho đến trưởng thành; nhiệt độ trung bình từ lúc gieo cho đến giai đọan 12 lá và nhiệt độ trung bình từ lúc 12 lá cho đến cuối giai đọan làm đầy hạt; sự cân bằng nước xung quanh việc nở hoa và tổng bức xạ mặt trời xung quanh việc nở hoa. Kết quả cho thấy rằng 6 hiệp phương sai này đã giải thích khỏang 40% ảnh hưởng tương tác của tòan bộ phân tích, với sự đóng góp cân bằng của các biến đổi kiểu gen (20%) và các biến đổi môi trường (20%). Các kết quả này cũng xác định tầm quan trọng của việc kiểm tra các con lai ở các điều kiện môi trường đại diện để xác định các giống có năng suất cao và ổn định nhất.
Như vậy, tương tác giữa gen và môi trường đóng một vai trò quan trọng trong tiến trình chọn giống nói chung và giống ngô nói riêng. Các tổ hợp ngô lai được lai tạo cần được đánh giá trên nhiều môi trường khác nhau để khẳng định tính ưu việt của giống. Các tỉnh phía Nam trải dài trên nhiều vùng địa lý và hình thành nhiều vùng sinh thái khác nhau nên cần chú ý yếu tố này trong quá trình đánh giá tính thích nghi, ổn định của các tổ hợp ngô lai, đặc biệt trên những vùng sinh thái có diện tích và sản lượng ngô lớn như Đông Nam bộ và Tây Nguyên.