Phong trào nơng dân Tây Sơn phát động khởi nghĩa vũ trang năm 1771 tại Quy Nhơn. Năm 1782, Nguyễn Huệ, lãnh tụ phong trào đưa quân vào Gia Định, đánh đuổi Nguyễn Ánh. Bị đại bại, Nguyễn Ánh phải bỏ thành Gia Định chạy vào Hậu Giang trước khi chạy tiếp ra vùng biển, rồi cho một phái bộ gồm 150 người do Nguyễn Hữu Thụy - em rể Nguyễn Ánh cầm đầu, qua Chân Lạp sang Xiêm cầu viện.
Một nhĩm chân tay của Nguyễn Ánh là giám mục Bá Đa Lộc cùng một số giáo sĩ Pháp, Tây Ban Nha đem theo hơn 80 người Việt Nam theo đạo Thiên chúa chạy sang Chân Lạp. Thấy bọn phản động chạy sang Chân Lạp, Nguyễn Huệ cho người sang thơng hiếu với Chân Lạp. Để tỏ tình giao hảo với nghĩa quân Tây Sơn, triều đình Chân Lạp cho quân chia làm ba đạo đi chặn bắt Nguyễn Ánh và chân tay của y.
Đạo quân Chân Lạp thứ nhất gồm hơn 30 thuyền chiến đi theo hướng Rạch Giá đánh đuổi Nguyễn Ánh tới Sơn Chiết. Nguyễn Ánh và tùy tùng trốn thốt ra Hà Tiên, xuống thuyền chạy ra đảo Phú Quốc.
Đạo quân Chân Lạp thứ hai đi đĩn bắt bọn Nguyễn Hữu Thụy. Tồn bộ phái đồn đi cầu viện Xiêm của Nguyễn Ánh bị quân Chân Lạp bắt và tiêu diệt gọn.
Đạo quân Chân Lạp thứ ba được lệnh đi lùng bắt bọn Bá Đa Lộc đang ẩn náu trong đất Chân Lạp. Bọn Bá Đa Lộc phải lẩn trốn vào rừng.
Vì cĩ quan hệ ngoại giao từ trước, Nguyễn Huệ được sự giúp đỡ tận tình của Chân Lạp về quân sự để truy kích bọn phản động Nguyễn Ánh.
Cũng do mối quan hệ hữu nghị đĩ mà một năm sau nghĩa quân Tây Sơn đã giúp Chân Lạp giữ được nước. Số là trong mấy tháng cuối năm 1783, một số người Mã Lai đem quân sang đánh chiếm Chân Lạp. Nước Chân Lạp cầu viện nghĩa quân Tây Sơn. Tháng 12 năm 1783, tướng Tây Sơn Trương Văn Đa đem quân sang Chân Lạp đánh đuổi quân Mã Lai, giải phĩng đất nước Chân Lạp. Quân Mã Lai chạy trốn sang Xiêm. Sau khi giúp Chân Lạp thành cơng, nghĩa quân Tây Sơn rút về Gia Định.
Dưới sự lãnh đạo của anh hùng Nguyễn Huệ, quan hệ hữu nghị Nguyễn (Tây Sơn) - Chân Lạp đã giúp Chân Lạp thốt được cuộc xâm lược của người Mã Lai .