Đánh thắng giặc, ta lại tiến hành ngoại giao với giặc. Ngoại giao lúc này là ngoại giao hịa hỗn: vừa đấu tranh, vừa giao hảo. Nếu chưa thiết lập được những quan hệ thân thiện hữu nghị thì cũng làm giảm bớt những tiếp xúc căng thẳng giữa hai nước, xĩa bỏ những
mưu đồ lấn chiếm, xâm lược của những thế lực bành trướng hiếu chiến bên nước láng giềng.
Nhà Nguyên ba lần đem quân xâm lược nước ta, cả ba lần đều thất bại. Cuộc chiến tranh lần thứ ba kết thúc vào tháng ba năm Mậu Tý (1288). Tháng 10, nhà Trần chủ động cho sứ sang Nguyên trao đổi việc trả hàng vạn tù binh cho nhà Nguyên. Từ đấy tới 5 năm sau, cơng việc trao trả tù binh tiến hành liên tiếp. Quan hệ giữa hai nước khơng cĩ gì căng thẳng. Tới năm 1293 bạo chúa Hốt Tất Liệt trở mặt, kiếm chuyện. Đầu năm 1293, Hốt Tất Liệt cho sứ bộ Lương Tằng, Trần Phu tới Đại Việt địi vua Trần sang chầu. Vua Trần từ chối việc sang chầu mà chỉ cho sứ bộ Đào Tử Kỳ cùng sứ Nguyên sang Trung Quốc đem sản vật địa phương biếu vua Nguyên.
Tháng 9 năm 1293, sứ bộ Đào Tử Kỳ đưa lễ vật tới Bắc Kinh. Nhưng khát vọng của Hốt Tất Liệt khơng phải là quà cáp biếu xén, nên đã hạ lệnh đưa Đào Tử Kỳ tới Giang Lăng giam lại và tổ chức đạo quân xâm lược. Đạo quân được thành lập, quân số ít hơn các lần trước, gồm 56.570 quân, 1.000 thuyền, 70 vạn khí giới, 35 vạn thạch lương, 2 vạn thạch thức ăn cho ngựa, 21 vạn cân muối và cho quân lính, mỗi người 2 đĩnh tiền. Tất cả đạo quân đặt dưới quyền chỉ huy của bình chương Lưu Quốc Kiệt và chư vương Diệc Cát Lý Đãi, cĩ một ban tham mưu giúp việc, gồm các tướng Triệt Lý Man, Trần Nham, Triệu Tu Kỷ, Vân Tịng Long, Trương Văn Hổ, Sầm Hùng.
Nhưng lúc này khơng cịn là lúc nhà Nguyên cĩ thể dễ dàng gây rối. Rậm rịch ra quân từ mấy tháng cuối năm 1293, mà khơng sao gọi được đủ quân, mặc dầu quân số định lấy chỉ là hơn 5 vạn người. Tới đầu năm 1294, quân các nơi tới tập trung để lập đạo quân xâm lược cịn quá ít. Hốt Tất Liệt hạ lệnh cho các địa phương Tư, Sá, Trấn Viễn, Hồng Bình đưa 8.000 quân cũ của nhà Tống gia nhập đạo quân của Lưu Quốc Kiệt. Lệnh này chưa kịp thi hành thì ngày 18 tháng 2 năm 1294 Hốt Tất Liệt chết. Người nối ngơi Hốt Tất Liệt là Nguyên Thành Tơn thấy nhà Nguyên đã ba lần gây chiến với Đại Việt, huy động hàng trăm vạn quân mà cịn thất bại, nay đưa 5 - 6 vạn quân đi gây chiến thì sao cĩ thể được, nên đành tạm hỗn lệnh đĩ. Mà khơng hỗn lệnh đĩ khơng từ bỏ tham vọng xâm lược Đại Việt thì tập đồn cuồng chiến nhà Nguyên cũng khơng làm gì được.
Chiến thắng của Đại Việt đã bẻ gãy mọi nanh vuốt của bọn vua chúa nhà Nguyên hiếu chiến. Sau chiến tranh xâm lược Đại Việt, thế và lực của triều Nguyên sa sút nghiêm trọng, khơng sao hồi phục được. Nhưng khơng phải vì thế mà chúng trở thành những kẻ cĩ thiện chí hịa bình, sống hữu hảo với các dân tộc khác. Đối với Đại Việt, vua chúa nhà Nguyên hậm hực vơ cùng, nhưng thế khơng làm gì được đành phải chịu, nhiều khi phải nhượng bộ, cĩ lúc cịn sợ Đại Việt tiến cơng, đánh phá.
Năm 1299, một sứ bộ của ta sang Nguyên do Đặng Nhữ Lâm cầm đầu đã bí mật làm một số việc: vẽ bản đồ các cung diện và vườn thượng uyển, mua các bản đồ và sách cấm của Trung Quốc, sao chép những văn thư Việt Nam cĩ ở Trung Quốc, ghi chép tình hình quân sự và các rừng núi ở biên giới phía bắc. Triều đình nhà Nguyên phát hiện những việc làm này. Nếu như trước kia thì họ bắt ngay sứ Đại Việt giam lại, chưa biết đến bao giờ mới cho về, hoặc đem giết sứ đi, nhưng nay thì khơng dám. Nhà Nguyên chỉ cho sứ sang Đại Việt yêu cầu triều đình nhà Trần khơng để cho sứ sang Nguyên làm những việc như thế.
Sau đĩ, sứ thần hai nước cứ vài năm qua lại một lần, hoặc báo cho nhau những tin tức như vua mới lên ngơi, hoặc biếu xén nhau quà cáp.
Năm 1308, nhà văn lỗi lạc đương thời là trạng nguyên Mạc Đĩnh Chi sang Nguyên. Các quan lại nhà Nguyên rất phục ơng là người thơng minh tài trí. Một lần ơng ngồi chơi trong phủ tể tướng nhà Nguyên. Lúc ấy là khoảng tháng 5 - tháng 6, trong phủ treo một cái màn mỏng cĩ thêu hình con chim tước vàng đậu cành trúc. Tước là con chim sẻ. Mạc Đĩnh Chi thản nhiên kéo cái màn xuống xé đi, mặc dầu cái màn thêu rất đẹp. Mọi người lấy làm lạ, hỏi tại sao. Mạc Đĩnh Chi trả lời:
"Tơi thấy người xưu vẽ mai - tước, chưa thấy ai vẽ trúc - tước bao giờ. Nay trong trướng của tể tướng lại thêu chim tước đậu cành trúc. Trúc là quân tử, tước là tiểu nhân. Tể tướng đem trúc - tước mà thêu vào trướng, thế là để tiểu nhân lên trên quân tử. Tơi sợ rằng đạo của tiểu nhân ngày càng lớn thịnh lên, đạo của quân tử ngày mịn mỏi đi, cho nên tơi trừ bọn tiểu nhân giúp thánh hiền". Người Nguyên phục là nhanh trí.
Khoảng những năm 1311 - 1312, bọn quan lại, tướng lĩnh nhà Nguyên ở gần biên giới lén lút lấn chiếm một số vùng đất của ta sát biên giới. Bọn cầm đầu châu Quy Thuận thuộc Quảng Tây năm lần sang cướp lộ Thái Nguyên của ta, bắt năm nghìn dân đưa sang Trung Quốc. Tri châu châu Dưỡng Lợi (Trung Quốc) là Triệu Giác bắt những người buơn bán của châu Tu Lãng nước ta, lấy một lọ vàng và chiếm hơn một nghìn khoảnh ruộng.
Để trừng trị những kẻ lấn chiếm, tháng giêng năm Quý Sửu (tức đầu năm 1313) quân ta theo nhiều đường sang miền nam Trung Quốc. Từ biên giới tỉnh Hà Giang bây giờ, hơn 3 vạn quân ta, trong đĩ cĩ hơn 3 nghìn quân kỵ, đánh sang châu Trấn Yên (thuộc Quảng Tây), đốt phá các kho tàng rồi về. Trên biên giới Cao Bằng, Lạng Sơn, quân ta chia làm 3 đạo tiến vào châu Quy Thuận (nay là huyện Tĩnh Tây, thuộc Quảng Tây), đĩng quân lại, khơng về. Triều đình Nguyên được tin, lo ngại, lệnh cho hành tỉnh Hồ Quảng phát binh đi đánh. Hành tỉnh Hồ Quảng là cơ quan chuyên tổ chức các đạo quân đi xâm lược Việt Nam trước đây. Nhưng lần này, mặc dầu cĩ lệnh của triều đình, khơng thấy hành tỉnh Hồ Quảng cĩ hành động gì.
Tháng tư âm lịch. để trừng trị bọn lấn chiếm, vua Trần Anh Tơng thân cầm quân đánh sang châu Dưỡng Lợi thuộc Quảng Tây, bắt hơn hai nghìn quân Nguyên đem về nước. Tháng sáu âm lịch, triều đình Nguyên phải cho hai viên quan là A Lý Ơn Sa và Lưu Nguyên Hanh tới hành tỉnh Hồ Quảng tìm hiểu tình hình những sự việc xảy ra, rồi đưa thư sang hỏi triều đình nhà Trần. Ta trả lời là vì cĩ kẻ quấy rối, lấn chiếm biên giới nên trừng trị, cịn ai quấy rối thì khơng biết. Bọn Lưu Nguyên Hanh thư đi thư lại mấy lần, nhưng khơng giải quyết được việc gì. Chúng tâu về triều đình Nguyên xin cho người sang Đại Việt địi đất, địi dân và địi ta xử trí những người đưa quân vào lãnh thổ Trung Quốc. Thấy bọn Lưu Nguyên Hanh tâu xin như vậy, Hồng đế Nguyên vội gạt đi: “Thơi để khi sứ An Nam tới sẽ nĩi”. Nhưng sứ ta khơng tới, triều đình Nguyên phải cho sứ sang nĩi với triều đình Đại Việt cho lui quân. Bấy giờ vua Trần mới hạ lệnh bãi binh, rút quân về nước. Khi ghi chép sự việc này vào sách Bang giao chí, nhà sử học Phan Huy Chú nhận xét:
“Đời Trần, nhà Nguyên ba lần đem quân sang xâm lược, quấy rối, nhưng khơng thành cơng. Nay tất cũng chột dạ về việc trước, chỉ mong được yên ổn, nên vua tơi khu xử, một niềm nhường nhịn để được vơ sự. Đĩ là sự khơn ngoan phủ dụ của Nguyên, mà thế nước ta thời Trần cũng tỏ ra cường thịnh lắm”.
Đúng là như thế! Nếu nước ta khơng cường thịnh thì nước lớn láng giềng ơm mộng bành trướng khơng bao giờ chịu để cho nhân dân ta được sống hịa bình, yên ổn, đừng nĩi gì tới nhượng bộ với ta điều này điều khác.
Ta đem quân sang đất Nguyên trừng trị quân Nguyên lấn chiếm mà triều đình Nguyên khơng dám ốn trách , hạch sách gì. Năm sau (1314), sứ Nguyên sang ta vẫn rất mực khiêm tốn, kính trọng ta. Bấy giờ vua Trần Minh Tơng mới lên ngơi, cho sứ Nguyên vào tiếp kiến. Khi về nước , sứ Nguyên hết sức ca ngợi vua Trần là phong thái ung dung phơi phới như thần tiên. Sau này khi sứ Đại Việt sang Nguyên, cĩ người Nguyên hỏi thăm cĩ phải vua Đại Việt phong thái thanh tú ung dung như thần tiên khơng, sứ Đại Việt hồ hởi trả lời: "Đúng như thê. Và đĩ cũng là phong thái của cả nước tơi vậy”.
Lời đáp của sứ ta nĩi lên niềm tự hào về dân tộc mình, một dân tộc anh hùng, đã bắt một kẻ thù cuồng chiến, hung hãn nhất của thời đại phải khuất phục, bảo đảm nền độc lập của nước nhà và nền hịa bình ở Đơng Nam châu Á, tước bỏ mọi khả năng xâm lược, quấy rối của giặc Nguyên ở các vùng khác trên thế giới.
Năm 1322, triều đình Nguyên lại muốn tranh lấn bờ cõi. Triều đình nhà Trần cho Hình bộ Thượng thư Dỗn Bang Hiến sang tranh biện. Vua chúa Nguyên đành thơi.
Lúc này, triều Nguyên đã suy yếu lắm, khơng thể gây đối đầu với ta được. Từ những năm 1340 trở đi, Trung Quốc đại loạn. Khởi nghĩa khơng nhà Nguyên liên tiếp nổ ra. Khởi nghĩa của Phương Quắc Trân, khởi nghĩa của Từ Thọ Huy, khởi nghĩa của Chu Nguyên Chương; đặc biệt cĩ cả cuộc khởi nghĩa của Trần Hữu Lượng là một người Việt Nam sống ở Trung Quốc, con của Trần Ích Tắc, nổi lên làm chủ cả miền nam Trung Quốc, dựng nên một triều đại mới lấy quốc hiệu là Đại Hán, niên hiệu là Đại Nghĩa. Trần Hữu Lượng lên ngơi hồng đế. Trong khi đĩ, nghĩa quân Chu Nguyên Chương cũng làm chủ miền bắc Trung Quốc, lập triều đại mới là triều Minh, đưa Chu Nguyên Chương lên ngơi hồng đế. Năm 1354, triều đình Trần Hữu Lượng cho sứ sang cầu thân với triều đình nhà Trần. Năm 1359, triều đình Chu Nguyên Chương cũng cho sứ sang thơng hiếu với nhà Trần. Trần Hữu Lượng và Chu Nguyên Chương vẫn đánh nhau kịch liệt, chưa phân được thua. Vua Trần cho Lê Kích Phu đi Trung Quốc "Để xem hư thực như thế nào". Sử khơng ghi rõ sứ ta sang Trung Quốc lúc ấy tiếp xúc với triều đình nào, triều Hán của Trần Hữu Lượng hay triều Minh của Chu Nguyên Chương.
Đầu năm 1361, nhà Hán của Trần Hữu Lượng đĩng ở Vũ Xương, cho sứ sang ta xin quân cứu viện. Vua Trần từ chối. Ý của nhà Trần là khơng muốn can thiệp vào cơng việc nội bộ của Trung Quốc.
Năm 1366, nhà Hán của Trần Hữu Lượng sụp đổ.
Năm 1367, nhà Nguyên bị diệt vong. Ngơi thống trị tồn Trung Quốc chuyển sang một triều đại mới là triều Minh. Chu Nguyên Chương lên ngơi hồng đế, xưng hiệu là Minh Hồng Vũ, khi chết miếu hiệu là Minh Thái Tổ.
Triều đại mới, chính sách đối nội, đối ngoại sẽ cĩ những thay đổi. Quan hệ giữa triều Trần ở Việt Nam và triều Minh mới nổi ở Trung Quốc cũng sẽ khơng bình thường, phẳng lặng như cuối thời Nguyên.