1. Chất lượng cảm quan
Vi sinh vật khi đã phát triển trong khối nông sản phẩm làm giảm chất lượng của nông sản phẩm, đôi khi nông sản phẩm có thể bị hỏng hoàn toàn.
Dấu hiệu đầu tiên cho sự phát triển của vi sinh vật là sự thay đổi màu sắc của hạt và rau quả. Hạt nông sản ban đầu có màu sắc bình thường trở nên xám, có những chấm đen, nâu hoặc xám.
- Với các loại rau quả, các vết biến màu thông thường sẽ phát triển lan rộng tạo ra các khoảng thâm, trũng và thối nhũn, gây mùi khó chịu
Khi vi sinh vật phát triển trên hạt sẽ phân huỷ các lớp mô bào ngoài hạt rồi xâm nhập phá huỷ phôi như làm thay đổi màu sắc phôi nhũ. Làm cho hạt giống mất khả năng nảy mầm, khi xay xát hạt thường hay bị gãy nát
Với rau quả khi bị sẫm màu, mềm nhũn sẽ dẫn đến sự thối rữa, làm giảm khả năng nảy mầm của hạt
3. Chất lượng dinh dưỡng
Hàm lượng các chất dinh dưỡng như tinh bột, protein, chất béo, VTM, chất khoáng...qua các hoạt động phân giải của vi sinh vật mà bị biến đổi và giảm nghiêm trọng. Vi sinh vật không những làm mất đi mùi thơm và vị đặc trưng của nông sản mà trong quá trình hoạt động sống còn tiết ra các hoá chất như enzym, các loại axit béo, rượu, aldehyt, xeton...gây ra mùi ôi, mốc, chua cho sản phẩm.
Ngoài ra trong quá trình hoạt động sống vi sinh vật còn sản sinh ra các độc tố như các loại nấm Aspergillus, Fusarium, Penicillium...gây độc cho người và gia súc khi sử dụng