Theo hình thức gây hại
1. Vi sinh vật phụ sinh
Loại này tồn tại trên hạt tới 90% là do vận chuyển từ rễ cây, thân cây lên hạt, nó thuộc hệ vi sinh vật hạt rễ củ. Điển hình là Pseudomonas herbicola và
Pseudomonas fluorescens
Các vi sinh vật loại này có thể trực tiếp phá hoại tế bào ký chú hay hút những chất dinh dưỡng của ký chú cho nên nó không những phá hoại ký chú mà còn có mối tương quan với cường độ trao đổi chất và sức sống của cây. Do đó chúng thường có nhiều nhất trên những hạt khoẻ mạnh và còn tươi.
2. Vi sinh vật hoại sinh
Vi sinh vật ở trên hạt giống và lương thực phần lớn là các loài hoại sinh. Vi sinh vật hoại sinh chủ yếu là những loại nấm phát sinh và phát triển rất mạnh trong hạt và một số nông sản phẩm khác.
Điển hình là Aspergillus, Penicillium, Micrococcus collectotricum sp Trong nhóm vi sinh vật hoại sinh, ngoài các loại nấm mốc thì còn có vi khuẩn và xạ khuẩn điển hình là Bactericum herlicola sureum, Bacterium putidum
Trong đó các loài vi khuẩn thường có ở rau quả, còn xạ khuẩn có nhiều trên các loại hạt ngũ cốc.
Đặc điểm sinh sống của vi sinh vật hoại sinh là từ những chất hữu cơ bị phá huỷ, chúng lấy thức ăn đồng thời phá hoại những cơ thể có sức sống thấp.
3. Vi sinh vật ký sinh, bán ký sinh và cộng sinh
- Ký sinh là vi sinh vật lấy chất dinh dưỡng của ký chủ (có thể lấy toàn bộ hay từng bộ phận). Do vậy ký chủ bị mất chất dinh dưỡng, bị phá hoại
- Cộng sinh là hình thức sinh vật kết hợp với ký chủ thoả mãn đôi bên cùng có lợi.
Trong quá trình bảo quản nhóm vi sinh vật hoại sinh có ảnh hưởng lớn đến chất lượng nông sản phẩm. Ngoài ra người ta còn thấy một số loại vi sinh vật còn gây bệnh cho cây và cho người.
Theo cấu tạo cơ thể vi sinh vật gây hại nông sản gồm có Vi khuẩn, nấm mốc và nấm men, trong đó nấm mốc gây hại chủ yếu trên hạt nông sản, vi khuẩn và nấm men gây hại trên rau quả.