Việc xác định giá trị doanh nghiệp gắn liền với việc xử lý tài chính tại doanh nghiệp. Do yêu cầu phát triển và với phạm vi hoạt động rộng đồng thời thực hiện những nhiệm vụ được Chính phủ và Bộ Xây dựng giao, trong quá trình hoàn tất các thủ tục cho việc cổ phần hóa, VINACONEX đã xác định và đề xuất với Bộ Xây dựng và Bộ Tài chính một số khoản công nợ cần được xử lý tài chính. Tuy nhiên, cơ chế về xử lý tài chính hiện nay rất phức tạp khiến cho việc xác định giá trị doanh nghiệp của VINACONEX gặp rất nhiều khó khăn và chậm trễ. Thậm chí một số khoản công nợ phải xử lý tài chính của VINACONEX và các đơn vị thành viên do thực hiện các nhiệm vụ mà nhà nước giao vẫn chưa được các cơ quan thẩm quyền cho phép xử lý tài chính. Tính phức tạp và khó khăn của công tác xử lý tài chính của VINACONEX thể hiện từ cả hai phía:
+ Về phía doanh nghiệp: các khoản công nợ cần xử lý tài chính của
từ hoạt động sản xuất kinh doanh đa dạng của Tổng công ty. Nhiều khoản công nợ thậm chí chưa có quy định cụ thể của pháp luật làm cơ sở để xử lý.
+ Về phía các cơ quan chức năng: Các cơ quan nhà nước có thẩm quyền đôi khi còn máy móc trong việc áp dụng các quy định hiện hành để giải quyết các vấn đề liên quan đến việc xử lý tài chính của VINACONEX trong khi đó theo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ việc cổ phần hóa VINACONEX là thí điểm, có thể đề xuất các cơ chế vượt quá cơ chế hiện nay. Mặt khác, quy định hiện hành về xử lý tài chính cho việc cổ phần hóa Tổng công ty hiện nay chưa có. Điều này đã dẫn đến sự lúng túng của cơ quan nhà nước khi tiến hành xử lý tài chính cho VINACONEX. Thêm nữa, sự trì trệ trong việc giải quyết các thủ tục cho việc xử lý tài chính, tâm lý ngại trách nhiệm của các cán bộ có thẩm quyền khi xử lý tài chính cho VINACONEX cũng là những nguyên nhân quan trọng dẫn đến sự chậm trễ trong việc xử lý tài chính và xác định giá trị doanh nghiệp cho VINACONEX.