Hiện nay, chưa có văn bản pháp luật cụ thể quy định về phương thức tiến hành cổ phần hóa tổng công ty nhà nước. Do được lựa chọn là một trong ba tổng công ty được lựa chọn thí điểm thực hiện cổ phần hóa toàn bộ tổng công ty nên VINACONEX đã lựa chọn phương thức tiến hành cổ phần hóa của tổng công ty đồng thời hai quá trình:
(1) Cổ phần hóa chuyển đổi hình thức hoạt động của các đơn vị thành viên là doanh nghiệp nhà nước còn lại.
(2) Hình thành công ty mẹ gồm Văn phòng Cơ quan Tổng công ty, các đơn vị hạch toán phụ thuộc Tổng công ty như: các trung tâm, Ban quản lý dự án, nhà máy phụ thuộc. Công ty mẹ sẽ hoạt động dưới hình thức công ty cổ phần [45, tr. 45].
Tuy nhiên, cả hai quá trình trên có mối quan hệ mật thiết, gắn bó lẫn nhau. Việc thực hiện quá trình này sẽ tác động và ảnh hưởng trực tiếp đến việc thực hiện quá trình kia, cụ thể là:
- Về xác định giá trị doanh nghiệp: thông qua việc cổ phần hóa các đơn vị thành
viên, phần vốn nhà nước hiện có tại các doanh nghiệp sẽ được xác định cụ thể và cộng vào phần vốn nhà nước tại Cơ quan Tổng công ty và các đơn vị phụ thuộc tạo thành vốn nhà nước trong công ty mẹ sau này.
- Về xử lý tài chính: việc xử lý tài chính cho các đơn vị cổ phần hóa là một vấn đề
hết sức phức tạp và khó khăn. Trong quá trình xử lý, để đảm bảo yêu cầu cổ phần hóa đơn vị thành viên phù hợp với tiến trình cổ phần hóa toàn Tổng công ty, Tổng công ty sẽ đề nghị các cơ quan có thẩm quyền cho phép xử lý một số khoản công nợ của doanh nghiệp cùng với việc xử lý tài chính của Cơ quan Tổng công ty và các đơn vị thành viên hạch toán phụ thuộc.
- Về sắp xếp lại, xử lý lao động dôi dư: thông qua việc cổ phần hóa, các đơn vị thành viên sẽ tiến hành sắp xếp, xử lý lao động dôi dư tại doanh nghiệp mình. Đối với những lao động đơn vị không cần dùng đến hoặc không phù hợp với yêu cầu của đơn vị, Tổng công ty sẽ tiến hành điều chuyển cho các đơn vị khác có nhu cầu sử dụng.
Sau khi hoàn thành đồng thời hai quá trình nêu trên thì về cơ bản sẽ hoàn thành cổ phần hóa Tổng công ty. Các công việc còn lại là tiến hành các thủ tục đăng ký kinh doanh, thông báo trên các phương tiện thông tin đại chúng và chuẩn bị các điều kiện cần thiết khác cho doanh nghiệp cổ phần mới đi vào hoạt động.