Giá trị lợi thế kinh doanh của Tổng công ty được xác định theo quy định tại Nghị định 187/2004/NĐ-CP ngày 16/11/2004 của Chính phủ về việc chuyển công ty nhà nước thành công ty cổ phần đồng thời kết hợp với một số điều chỉnh căn cứ vào tỡnh hỡnh thực tế của doanh nghiệp như sau:
+ Sử dụng vốn doanh nghiệp huy động cho sản xuất kinh doanh để xác định tỷ suất lợi nhuận trên vốn.
+ Sử dụng lợi nhuận sau thuế của doanh nghiệp bỡnh quõn 3 năm trước cổ phần hóa có tính đến việc loại trừ các yếu tố biến động bất thường.
Giá trị thương hiệu thực tế sẽ được xác định chính thức khi bán cổ phần trên thị trường chứng khoán. Trước mắt thương hiệu được tạm tính theo thỏa thuận giữa Tổng công ty và các công ty cổ phần đó. Tuy nhiên, trong quá trình chuẩn bị cổ phần hóa, có nhiều ý kiến từ các cơ quan nhà nước có liên quan đặc biệt là ý kiến từ Bộ Xây dựng - Cơ quan chủ quản của VINACONEX cho rằng cách xác định thương hiệu nằm trong lợi thế kinh doanh như trên là không phù hợp với thực tiễn của quá trình cổ phần hóa doanh nghiệp, ảnh hưởng tới lợi ích của nhà nước. Do vậy, họ cho rằng thương hiệu phải do thị trường quyết định. Phần giá trị thương hiệu này sẽ được cộng vào phần vốn nhà nước tại doanh nghiệp. Như vậy, do không có quy định cụ thể trong việc xác định thương hiệu của một doanh nghiệp cộng với việc có nhiều quan điểm khác nhau về vấn đề này đã dẫn đến
công tác xác định giá trị doanh nghiệp của Tổng công ty bị kéo dài và dẫn đến việc chậm trễ trong quá trình thẩm định và công bố giá trị doanh nghiệp.
Thực chất, thương hiệu VINACONEX là một thương hiệu tập thể được hình thành từ khi thành lập cho đến nay. Do vậy, trong quá trình hoạt động, thương hiệu VINACONEX sử dụng như tên thương mại (Trade-mark) của nhiều đồng chủ sở hữu bao gồm: Tổng công ty, các đơn vị thành viên và của những người quản lý, lao động của VINACONEX. Điều này cần được xác định rõ khi xác định giá trị thương hiệu để đảm bảo lợi ích của các đồng chủ sở hữu. Việc một số cơ quan nhà nước cho rằng toàn bộ giá trị thương hiệu VINACONEX thuộc sở hữu nhà nước để đưa vào vốn nhà nước khi xác định giá trị cổ phần hóa là sai lầm không nhận thức đúng bản chất của việc hình thành và tạo dựng ra thương hiệu này. Do phải thực hiện quan điểm chỉ đạo như vậy nên doanh nghiệp có thể không muốn xác định giá trị thương hiệu cao vì họ không muốn phải gánh chịu một phần vốn nhà nước quá lớn từ việc cộng thêm giá trị thương hiệu vào. Giá trị thương hiệu không phải là bất biến mà rất dễ thay đổi tùy thuộc vào kết quả kinh doanh của doanh nghiệp và những yếu tố khách quan đưa lại. Khi đưa vào giá trị doanh nghiệp thì giá trị thương hiệu rất lớn. Sau đó, vì một số lý do nào đó, giá trị này lại bị giảm sút thì thực chất doanh nghiệp đã phải gánh chịu một giá trị vô hình không có thực. Một hệ quả bất lợi khác là người lao động, những người đã góp phần tạo dựng nên một phần giá trị thương hiệu đó không được hưởng bất kỳ lợi ích nào từ việc xác định giá trị thương hiệu này. Điều này đã khiến người lao động bất bình và không khuyến khích họ tiếp tục phấn đấu để duy trì và nâng cao thương hiệu hơn nữa của doanh nghiệp.