Theo quy định tại Điều 1 Nghị quyết số 388/NQ/2003/UBTVQH 11 và hướng dẫn tại mục 1 phần 1 và mục 2 phần 3 Thông tư liên tịch số 01 thì Tòa án có trách nhiệm bồi thường cho:
- Người bị tạm giam bởi một lệnh hoặc quyết định tạm giam của Tòa án cấp phúc thẩm, nhưng sau đó Tòa án cấp phúc thẩm hủy bỏ quyết định tạm giam và hủy bản án sơ thẩm tuyên bố bị cáo không phạm tội và đình chỉ vụ án vì người đó không phạm tội thì Tòa án cấp sơ thẩm có trách nhiệm bồi thường toàn bộ thiệt hại. Trường hợp sau khi thụ lý vụ án mà Tòa án cấp sơ thẩm ra quyết định tạm giam bị can (hoặc bị cáo) để hoàn thành việc xét xử sơ thẩm, nhưng khi Tòa án cấp sơ thẩm tuyên bố bị cáo không phạm tội và đình chỉ vụ án vì người đó không thực hiện hành vi phạm tội, bản án có hiệu lực pháp luật thì Viện kiểm sát ra quyết định truy tố sẽ có trách nhiệm BTTH. Người đã chấp hành xong hoặc đang chấp hành hình phạt tù có thời hạn, tù chung thân, đã bị kết án tử hình mà có bản án hoặc quyết định của Tòa án cấp trên tuyên bố người đó không phạm tội, thì cũng được BTTH. Trong trường hợp này thì Tòa án nào xét xử sau cùng tuyên bố người đó là có tội thì phải bồi thường. Người đã chấp hành xong hoặc đang chấp hành hình phạt tù có thời hạn tù chung thân, đã bị kết án tử hình mà có bản án hoặc quyết định tuyên là vô tội bởi một bản án hoặc quyết định của Tòa án có thẩm quyền thì được bồi thường.
Tới thời điểm ngày 22/11/2005, ngành Tòa án đã nhận được 64 đơn yêu cầu bồi thường theo Nghị quyết số 388 mà các đương sự cho rằng đã bị Tòa án kết án oan trong những vụ từ năm 1990. Tòa án các cấp đã thương lượng và hòa giải thành, bồi thường cho 33 trường hợp, với tổng số tiền bồi thường là 1.487.500.000 đồng, đa số các trường hợp bị oan đều xảy ra trước khi có Nghị quyết số 388, có 4 trường hợp xảy ra sau khi có Nghị quyết số 388 [36]. Trong 6 tháng đầu năm 2006, Tòa án các cấp đã nhận được 9
đơn của những người bị kết án oan, thương lượng thành với 4 trường hợp với số tiền bồi thường phải trả là 202 triệu đồng [3].
Bên cạnh việc giải quyết yêu cầu bồi thường cho công dân với tư cách là người thực hiện hành vi trái pháp luật gây thiệt hại cho công dân, Tòa án còn là chủ thể giải quyết các vụ kiện dân sự về BTTH giữa các cơ quan tiến hành tố tụng khác hoặc Tòa án cấp trên, cấp dưới với tư cách là bị đơn với công dân - nguyên đơn. Riêng 6 tháng đầu năm 2006, các Tòa án đang xem xét giải quyết theo thủ tục tố tụng dân sự đối với 4 đơn của người bị oan khởi kiện Viện kiểm sát về BTTH theo Nghị quyết số 388 [3].
Tuy nhiên, từ thực tế xét xử các vụ kiện như thế này hiện nay, cho dù Tòa án có xét xử công bằng và đúng pháp luật nhưng vẫn không khiến các đương sự "tâm phục, khẩu phục". Điều này xuất phát từ vị thế "vừa đá bóng, vừa thổi còi" của ngành Tòa án khi phải xét xử chính đồng nghiệp và các cơ quan tiến hành tố tụng khác, và trong mắt người dân, việc các cơ quan này "bênh" nhau, bao che cho nhau là điều không thể tránh khỏi. Mặc dù, về nguyên tắc, Thẩm phán và Hội thẩm nhân dân xét xử độc lập và chủ tuân theo pháp luật. Do đó, việc quy định Tòa án là cơ quan tài phán giải quyết các vụ kiện về BTTH giữa các cơ quan tiến hành tố tụng với công dân hiện nay chưa tạo được sự tin tưởng của nhân dân và còn gây nhiều tranh cãi trong dư luận cũng như trong giới khoa học luật hiện nay.