Campuchia và Việt Nam vừa mới bắt tay xây dựng lại đất nước bị chiến tranh tàn phá nặng nề, cả hai nước đều là những nền kinh tế chuyển đổi, nhưng Việt Nam từ cơ chế tập trung bao cấp sang kinh tế thị trường theo định hướng xã hội chủ nghĩa, Việt Nam luôn: “Tạo môi trường thuận lợi cho công cuộc xây dựng và bảo vệ đất nước”[11, tr.63]. Điều khó khăn bao trùm cả Campuchia và Việt Nam chưa được chuẩn bị lý thuyết lẫn thực lực, hay nói đúng hơn là hai nước vừa mày mò, vừa tích lũy thực lực. Chấp nhận kinh tế thị trường là phải đối diện với một qui luật kinh tế khách quan vừa có mặt tích cực vừa có những mặt hạn chế vốn có của nó. Cuộc khủng hoảng tài chính tiền tệ (1997-1998) là một bài học đắt giá về sức ép của toàn cầu hóa với các nền kinh tế mở ở Đông Nam á. Campuchia và Việt Nam là những nước mới gia nhập nền kinh tế thị trường nên càng có nguy cơ bị loại khỏi cuộc chơi. Trong đó quan hệ hợp tác Campuchia - Việt Nam tồn tại không ít những thách thức cần được nhận thức đầy đủ để có thể tìm cách tháo gỡ sao cho thích ứng kịp với các điều kiện cạnh tranh ngày càng gay gắt, hạn chế những tác động xấu, đồng thời tranh thủ những cơ hội thuận lợi do hội nhập quốc tế đem lại.
Mặt khác, điểm xuất phát của Campuchia và Việt Nam rất thấp so với các nước trong khu vực, nền kinh tế Campuchia và nền kinh tế Việt Nam có quá nhiều tương đồng, hạn chế tính bổ sung cho nhau chưa nói gì đến tính hợp tác. Việc phát triển của nền kinh tế Campuchia những năm gần đây bắt đầu đóng góp ít nhiều vào việc khắc phục nhũng nhân tố khó khăn trên, đặc biệt khoảng cách phát triển tạo ra giữa Campuchia và Việt Nam thực sự làm xuất hiện những nhu cầu hợp tác giữa hai nước. Tuy nhiên trên bình diện khu vực lại nảy sinh những khó khăn và thử thách mới do có sự cạnh tranh với các nước với Campuchia và Việt Nam. Chỉ ra những nhân tố này là để thấy thời cơ và thử thách luôn tồn tại đan xen trong quan hệ hợp tác Campuchia và Việt Nam, đòi hỏi Việt Nam phải thường xuyên đổi mới về cơ chế và phương thức hợp tác. Tuy nhiên, thực tế của nền kinh tế thị trường là rất mới và Việt Nam đã tích lũy được không ít kinh nghiệm thành công và thất bại để tiếp tục phát triển các mối quan hệ đối tác giữa hai nước trong giai đọan mới. Nếu những thách thức trong hợp tác về kinh tế của hai nước là cơ bản và lâu dài thì những thách thức trong hợp tác về an ninh - chính trị là trực tiếp và sống còn, bởi vì các thế lực thù địch không từ bỏ mọi thủ đoạn để chống phá quan hệ hai nước khi có cơ hội, bằng các biện pháp kinh tế, quân sự, chính trị ngoại giao, bằng bạo lực và mua chuộc, chia rẽ nội bộ, bằng diễn biến hòa bình với những thâm độc khó lường.