Hiệp ước bổ sung có phần mở đầu và sáu Điều, bổ sung Hiệp ước 1985 một số nội dung chính như sau:
Khẳng định giá trị của Hiệp ước 1985, coi Hiệp ước này chỉ là Hiệp ước bổ sung của Hiệp ước 1985, Điều III, mục 4 khẳng định quyết tâm của hai bên: “Sớm kết thúc tiến trình phân giới và cắm mốc”[2, tr.118]. Hai bên phấn đấu hoàn thành phân giới cắm mốc trước tháng 12 năm 2008. Đây là một thắng lợi lớn của hai nước. Lần đầu tiên hai bên đã đặt ra mục tiêu cụ thể với một quyết tâm cao.
áp dụng các nguyên tắc và thực tiễn quốc tế về biên giới theo sông, suối để hoạch định đường biên giới sông, suối trên toàn tuyến biên giới đất liền giữa hai nước:
- Đối với những đoạn sông, suối biên giới tàu thuyền không đi lại được đường biên giới đi theo trung tuyến của dòng chảy chính.
- Đối với những đoạn sông, suối biên giới tàu thuyền đi lại được, đường biên giới đi theo trung tuyến của luồng chính tàu thuyền đi lại được.
Việc ghi nhận nguyên tắc nêu trên để giải quyết biên giới theo sông suối về lâu dài có lợi cho cả hai bên, tháo gỡ những bất hợp lý trong sử dụng nguồn nước. Tuy nhiên, để bảo vệ quyền lợi và sự ổn định của nhân dân hai bên sông, tránh các thay đổi lớn, nhất là ở vùng đồng bằng sông Cửu Long, hai bên đã thống nhất ghi vào Hiệp ước bổ sung: “Trong trường hợp nảy sinh khó khăn trong việc áp dụng các quy định nêu trên, hai bên sẽ trao đổi hữu nghị nhằm tìm ra một giải pháp mà hai bên có thể chấp nhận được”[2, tr.113].
Hai bên đồng ý giải quyết 6 điểm mới thoả thuận tạm thời trong Hiệp ước 1985. Ba khu vực (khu vực 1 thuộc tỉnh Kon Tum giáp với tỉnh Ratanakiri, khu vực 2 thuộc tỉnh Gia Lai giáp với tỉnh Ratanakiri, khu vực 3 thuộc tỉnh Đăk Lăk giáp với tỉnh Mondunkiri) đều có chung đặc điểm là những khu vực rừng rậm, núi cao, không thể hiện địa hình và tiếp biên không khớp trên bản đồ Bonne đính kèm Hiệp ước 1985; không có dân sinh sống ở hai bên đường biên giới, đều là các khu vực bỏ trắng. Sau khi khảo sát thực địa, hai bên đã thống nhất điều chỉnh biên giới trong các khu vực này căn cứ vào các yếu tố địa hình. Ba khu vực khác giữa tỉnh An Giang và tỉnh Kầnđan, lâu nay hoặc do Việt Nam hoặc do Campuchia quản lý, nhưng lại chưa được thể hiện trên bản đồ Hiệp ước 1985. Hai bên: “Đồng ý điều chỉnh cho phù hợp với thực tế quản lý”[2, tr.116].
Hai bên thống nhất giao cho ủy ban liên hợp về biên giới những nhiệm vụ sau: “Xây dựng kế hoạch tổng thể nhằm thực hiện lộ trình phân giới và cắm mốc đường biên giới chung ... Phân giới, cắm mốc toàn bộ đường biên giới trên đất liền Campuchia - Việt Nam trên cơ sở Hiệp ước hoạch định biên giới năm 1985 và Hiệp ước Bổ sung”[2, tr.119]. Ngoài ra còn nhiệm vụ xây dựng bản đồ đường biên giới quốc gia giữa Vương quốc Campuchia và nước Cộng hòa Xã hội chủ nghĩa Việt Nam; Soạn thảo Nghị định thư về phân giới, cắm mốc đường biên giới trên đất liền giữa hai nước.
Hiệp ước bổ sung về biên giới Campuchia - Việt Nam là một thắng lợi chung của cả hai nước. Ký Hiệp ước bổ sung là hai bên cùng tái khẳng định giá trị hiệu lực của Hiệp ước hoạch định biên giới năm 1985, nối lại tiến trình phân giới cắm mốc, phấn đấu hoàn thành công việc này vào năm 2008, nhằm xây dựng đường biên giới hữu nghị, hoà bình, ổn định và hợp tác cùng phát triển giữa hai dân tộc.
Hiệp ước bổ sung điều chỉnh sáu điểm và biên giới theo sông, suối là hoàn toàn phù hợp hai nguyên tắc cơ bản của Hiệp ước nguyên tắc 1983, được khẳng định trong Hiệp ước 1985 và Hiệp định quy chế biên giới 1983. Cùng với Hiệp ước năm 1985, Hiệp ước bổ sung một lần nữa thể hiện rõ quyết tâm của hai Nhà nước Campuchia và Việt Nam trong việc giải quyết bằng thương lượng hòa bình các vấn đề tồn đọng về biên giới, lãnh thổ giữa hai nước. Việc ký Hiệp ước bổ sung đã một lần nữa khẳng
định giá trị pháp lý của các Hiệp định biên giới hai nước đã ký trong những năm 80; đáp ứng mối quan tâm của chính quyền và nhân dân các địa phương hai bên biên giới.
Nội dung Hiệp ước bổ sung đã đáp ứng mối quan tâm cũng như lợi ích chung của cả hai nước. Việc ký Hiệp ước bổ sung về biên giới và trao đổi các văn kiện phê chuẩn Hiệp ước đã thực sự đưa Hiệp ước vào đời sống chính trị của hai nước. Đây là một thắng lợi của hai nước Campuchia - Việt Nam, tiếp tục nâng quan hệ Campuchia và Việt Nam lên tầm cao mới, thể hiện phương châm "láng giềng tốt đẹp, hữu nghị truyền thống, hợp tác toàn diện, bền vững lâu dài" mà lãnh đạo hai nước đã đề ra.