Trước khi hai nước ký hiệp hiệp ước bổ sung, quan hệ hữu nghị hợp tác giữa các tỉnh biên giới Việt Nam - Campuchia đã có những bước phát triển tốt đẹp. Các tỉnh biên giới hai nước đã thiết lập được cơ chế tiếp xúc, trao đổi thông tin thường xuyên, mối quan hệ tốt đẹp giữa các tỉnh biên giới Campuchia - Việt Nam không những mang lại lợi ích cho sự phát triển kinh tế - xã hội của nhân dân các tỉnh biên giới hai nước mà còn góp phần bảo đảm an ninh trật tự khu vực biên giới chung.
Tại Hội nghị Hợp tác phát triển các tỉnh biên giới Campuchia - Việt Nam lần đầu tiên được tổ chức chức tại Thành phố Hồ Chí Minh ngày 13 tháng 9 năm 2004, sau khi phân tích tình hình khu vực và thế giới, Phó Thủ tướngNguyễn Tấn Dũng chỉ rõ: “Hiện nay các thế lực thù địch tiếp tục các hoạt động chống phá, làm mất an ninh ổn định ở cả hai nước... Tình hình này đặt ra yêu cầu cấp bách là cần tăng cường hơn nữa sự hợp tác toàn diện giữa các bộ ngành liên quan và các địa phương các tỉnh biên giới nhằm đảm bảo an ninh quốc phòng khu vực biên giới chung giữa hai nước”[74, tr.1].
Về phía Campuchia, đồng chủ trì hội nghị, Phó Thủ tướng Sarkheng cũng nêu rõ: “Sự hợp tác giữa chính quyền các địa phương và nhân dân trong khu vực biên giới hai nước đã trở thành quan hệ truyền thống, anh em và vì một mục đích chung. Qua hội nghị này, chính quyền địa phương dọc biên giới hai nước sẽ càng mở rộng sự hợp tác nhằm xây dựng khu vực biên giới hai nước trở thành một khu vực hoà bình, ổn định, hợp tác và phát triển”[74, tr.1].
Tiếp theo đó trong hai ngày 01- 02 tháng 12 năm 2004, tại Thành phố Huế đã diễn ra Hội nghị tổng kết công tác biên giới Campuchia - Việt Nam giai đoạn 2002- 2004 do Thứ trưởng Bộ Ngoại giao, Trưởng Ban Biên giới Vũ Dũng chủ trì. Tham dự Hội nghị có lãnh đạo UBND và đại diện Ban Biên giới của các tỉnh có chung biên giới hai nước. Hội nghị đã nhất trí đánh giá “tình hình biên giới Việt Nam - Campuchia trong thời gian qua tương đối ổn định, các ngành và địa phương hai nước đã tăng cường giao lưu và phối hợp chặt chẽ trong công tác quản lý biên giới. Tuy nhiên, tình hình biên giới vẫn còn những yếu tố phức tạp như tội phạm hình sự, các hoạt động chống phá Campuchia và Việt Nam”[72, tr.1]. Hội nghị đánh giá cao các thành tích đạt được trong công tác biên giới của các cơ quan Trung ương và địa phương nhằm duy trì và bảo đảm đường biên giới Campuchia - Việt Nam hoà bình, ổn định và phát triển đồng thời trao đổi về những bài học kinh nghiệm trong công tác biên giới, thúc đẩy đàm phán giữa hai nước nhằm tiến tới hoạch định và cắm mốc biên giới hai nước trên cơ sở những Hiệp ước và Hiệp định đã ký kết.
Sau Hội nghị Hợp tác phát triển các tỉnh biên giới Campuchia - Việt Nam lần đầu tiên được tổ chức chức tại Thành phố Hồ Chí Minh ngày 13 tháng 9 năm 2004, các tỉnh biên giới Campuchia - Việt Nam tăng cường quan hệ hợp tác trên mọi lĩnh vực, tiêu biểu là quan hệ hợp tác giữa tỉnh Ráttanakiri của Campuchia và tỉnh Gia Lai của Việt Nam. Việt Nam cũng đã cam kết đầu tư cho Campuchia nhiều công trình phúc lợi cho vùng giáp biên.
Trả lời phóng viên Thông Tấn xã Việt Nam, ngày 17 tháng 9 năm 2005, Tỉnh trưởng Kham Khươn tỉnh Ráttanakiri của Campuchia cho biết: “quan hệ hợp tác giữa tỉnh Ráttanakiri và tỉnh Gia Lai của Việt Nam trong thời gian qua rất tốt đẹp, đặc biệt là trong các lĩnh vực phòng chống tội phạm, hoạt động buôn lậu, buôn người và buôn lậu ma túy qua biên giới”[73, tr.1].Lãnh đạo các tỉnh của Campuchia có chung biên giới với Việt Nam đều nhận xét rằng quan hệ hợp tác giữa các tỉnh biên giới hai nước ngày càng được củng cố, phát triển và đã thu được những kết quả đáng khích lệ.
Hội nghị lần thứ hai về hợp tác và phát triển giữa các tỉnh biên giới Campuchia - Việt Nam được tổ chức vào ngày 29 tháng 9 năm 2005 tại thành phố Xiêm Riệp, dưới sự đồng chủ toạ của Phó Thủ tướng Thường trực nước Cộng hoà xã hội chủ
nghĩa Việt Nam Nguyễn Tấn Dũng, và Phó Thủ tướng đồng Bộ trưởng Nội vụ Chính phủ Hoàng gia Campuchia Xô Khênh, Phó Thủ tướng, đồng Bộ trưởng Nội vụ Chính phủ Hoàng gia Campuchia Xămđéc Nôrôđôm Xirivút. Tham dự Hội nghị còn có lãnh đạo các tỉnh biên giới Campuchia - Việt Nam và đại diện của nhiều Bộ, ngành hai nước.
Phía Việt Nam, Phó Thủ tướng Việt Nam Nguyễn Tấn Dũng, Trưởng đoàn Việt Nam nhấn mạnh: “ ý nghĩa và tầm quan trọng của hội nghị, khẳng định đây là một sáng kiến tích cực và thiết thực đối với việc thúc đẩy quan hệ hữu nghị và hợp tác giữa các tỉnh biên giới hai nước, góp phần vào sự nghiệp bảo vệ và phát triển đất nước của Campuchia và Việt Nam”[76, tr.1].
Phía Campuchia, ông Prum Xôkha, Quốc vụ khanh Bộ Nội vụ Campuchia đã trình bày báo cáo về tình hình hợp tác giữa các tỉnh biên giới và khẳng định: “Sự hợp tác và phát triển giữa các tỉnh biên giới Campuchia - Việt Nam đã được triển khai tích cực, và đạt được những kết quả rất khích lệ trên hầu hết các lĩnh vực kinh tế, thương mại, giáo dục, y tế, giao thông vận tải, năng lượng, quản lý biên giới, bảo vệ an ninh trật tự biên giới”[76, tr.1].
Tại hội nghị, hai bên đã khẳng định lại tầm quan trọng của sự hợp tác giữa các tỉnh giáp biên giới của hai nước, nhằm tăng cường hơn nữa mối quan hệ hữu nghị và hợp tác giữa hai nước Campuchia - Việt Nam. Việc đẩy mạnh hợp tác và phát triển giữa các tỉnh biên giới Campuchia - Việt Nam trong thời gian qua đã chứng tỏ là một cơ chế hợp tác cần thiết và có hiệu quả, góp phần tăng cường và củng cố quan hệ hữu nghị, hợp tác mọi mặt giữa hai nước. Đồng thời hai bên cũng nhắc lại Thông cáo chung Campuchia - Việt Nam mà lãnh đạo hai nước đã tuyên bố, trong đó có những lĩnh vực mà hai bên đều quan tâm như: “Hợp tác tích cực và có hiệu quả giữa các tỉnh biên giới ... tăng cường việc kiểm soát qua lại biên giới phù hợp với những hiệp định đã ký để ngăn chặn vượt biên trái phép, hành vi khủng bố, tội ác và các tội phạm qua biên giới hai nước... không cho các lực lượng bên ngoài và các lực lượng thù địch sử dụng lãnh thổ các tỉnh giáp biên giới của mỗi nước làm cơ sở để phá hoại an ninh của nhau”[75, tr.1].
Tại hội nghị này, hai bên đã kiểm điểm việc thực hiện các thoả thuận tại Hội nghị lần thứ nhất, đánh giá cao những kết quả tốt đẹp của quan hệ hợp tác trên mọi lĩnh vực đạt được giữa các tỉnh giáp biên giới của hai nước kể từ cuộc họp lần thứ nhất, kết quả của sự hợp tác này đã góp phần to lớn vào việc củng cố mối quan hệ giữa hai nước Campuchia - Việt Nam. Mục đích của hội nghị lần thứ hai đưa ra là các nhà chức trách địa phương và lực lượng bảo vệ biên giới hai nước sẽ hợp tác chặt chẽ với nhau tuyên truyền giáo dục và hướng dẫn nhân dân hai nước ở vùng biên giới thực hiện nghiêm chỉnh các thoả thuận và thông cáo chung để ngăn chặn các vụ việc xâm phạm và tranh chấp dọc biên giới. Tất cả những vụ việc có thể xảy ra dọc biên giới, hai bên phải giải quyết bằng con đường hoà bình, hợp tác và hiểu biết lẫn nhau căn cứ theo thoả thuận và Thông cáo chung của hai nước Campuchia - Việt Nam.
Hội nghị hợp tác phát triển các tỉnh biên giới Campuchia - Việt Nam lần thứ ba, diễn ra ở tỉnh An Giang ngày 25 tháng 12 năm 2006, tham dự có Phó Thủ tướng Thường trực Việt Nam Nguyễn Sinh Hùng và Phó Thủ tướng Campuchia Sarkheng, hai bên thống nhất thúc đẩy việc phân giới cắm mốc biên giới giữa hai nước để hoàn thành đúng kế hoạch đề ra, đồng thời xây dựng và nâng cấp cơ sở hạ tầng khu vực biên giới hai bên. Tại cuộc họp này hai bên nhất trí: “Tăng cường phối hợp công tác quản lý biên giới, đấu tranh phòng chống các loại tội phạm, vượt biên trái phép và ngăn chặn các lực lượng thù địch lợi dụng khu vực biên giới để tiến hành các hoạt động chống phá an ninh hai nước”[77, tr.1].
Cùng với sự phát triển quan hệ về chính trị, ngoại giao, quan hệ hợp tác an ninh, quốc phòng giữa hai không ngừng phát triển đi vào chiều sâu. Kể từ khi hai nước hợp tác an ninh các tỉnh biên giới, tình an ninh biên giới có nhiều chuyển biến tích cực, đời sống của người dân hai nước vùng biên có điều kiện để phát triển kinh tế, giao lưu văn hóa. Sự lưu thông, vận chuyển hàng hóa và đi lại của công dân ở khu vực biên giới hai nước được thuận lợi dể dàng hơn do các tuyến đường được xây dựng và nâng cấp. Những điều kiện nêu trên đã góp phần nâng cao đời sống của người dân vùng biên hai nước đồng thời góp bảo vệ tốt an ninh trật tự biên giới.