- Nghề cá truyền thống Việt Nam phát triển mang tính “tự phát”, qui mô sản xuất nhỏ lẻ, quản lý theo hộ gia đình, đầu tư ít cho công nghệ, ít quan tâm đến môi trường. Nhận thức của lao động sản suất thủy sản về các vấn đề phát triển bền vững và nghề cá có trách nhiệm rất mờ nhạt.
- Công tác qui hoạch phát triển và chính sách quản lý nghề cá chưa theo kịp nhu cầu thực tế của thị trường và của người dân. Việc xây dựng kế hoạch phát triển từ ngành đến địa phương theo xu hướng là: Chạy theo sản lượng, không coi trọng giá trị; Coi trọng khai thác tài nguyên, ít cân nhắc đến lợi ích môi trường cho sự phát triển bền vững; Chỉ chú ý đến lợi ích ngành mình, địa phương mình, ít chú ý đến lợi ích ngành khác, địa phương khác và người khác.
- Thiếu hệ thống chính sách đồng bộ, liên ngành quản lý các vùng nước ven biển, các vùng đất ngập nước – nơi mà các hệ sinh thái có ý nghĩa quan trọng đối với nguồn giống và đa dạng sinh học thủy sinh – cơ sở để phát triển thủy sản bền vững.
- Mâu thuẫn giữa nhu cầu phát triển bền vững với tình trạng sản xuất tự phát, qui mô sản xuất nhỏ lẻ; Mâu thuẫn giữa nhu cầu đánh bắt xa bờ với trang bị kỹ thuật, công nghệ sản xuất lạc hậu, thiếu thông tin về ngư trường nguồn lợi; Mâu thuẫn giữa phát triển NTTS thâm canh với vấn đề ô nhiễm môi trường, xử lý chất thải vùng nuôi, dịch bệnh; Mâu thuẫn giữa chuyển đổi nghề nghiệp với nghèo đói và khó khăn sinh kế.
Trong quá trình phát triển, ngành thủy sản Việt Nam đang phải đối mặt với những thách thức, rủi ro do sự suy kiệt nguồn lợi thủy sản ở một số khu vực, mất đa dạng sinh học trong các thủy vực, ô nhiễm và suy thoái môi trường nuôi, giảm nguồn giống tự nhiên, cộng đồng dân cư còn nghèo và nhận thức về PTBV còn hạn chế. Chính vì vậy, tăng trưởng kinh tế nhanh và ổn định, thay đổi mô hình sản xuất và tiêu thụ sản phẩm thủy sản theo hướng thân thiện với môi trường, tiết kiệm tài nguyên thiên nhiên, an sinh xã hội và an toàn sinh thái là điều kiện và mục tiêu để PTBV ngành thủy sản.