Tiềm năng phát triển thuỷ sản của nước ta là rất lớn cả về khai thác hải sản, đặc biệt là khả năng mở rộng diện tích và tăng năng suất nuôi trồng, tiết kiệm chi phí, hạ giá thành, nâng cao chất lượng và hiệu quả. Tuy nhiên sản xuất và kinh doanh thuỷ sản của Việt Nam vẫn còn không ít bất cập, yếu kém như:
- Mặc dù đã có chương trình nhưng NTTS ở nhiều nơi còn phát triển tự phát, chưa tuân thủ quy hoạch hoặc công tác quy hoạch chưa theo kịp tiến độ phát triển, chưa đủ sức thuyết phục, chưa đủ chi tiết và căn cứ khoa học. Việc quy hoạch chi tiết các vùng NTTS, thiết kế các vùng nuôi thủy sản tập trung còn chậm, chưa đáp ứng được yêu cầu phát triển. Tính khả thi của một số quy hoạch chưa cao. Quy hoạch các nhóm sản phẩm chủ lực đến nay mới đang triển khai xây dựng. Công tác tổ chức thực hiện quy hoạch còn yếu. Việc giám sát thực hiện quy hoạch chưa tốt hoặc không tổ chức giám sát. Các quyết định phát triển NTTS cũng như phát triển các
ngành kinh tế khác không tôn trọng quy hoạch đã được duyệt, nẩy sinh mâu thuẫn về KT – XH trong cộng đồng.
- Nghề khai thác nhìn chung vẫn trong tình trạng qui mô nhỏ, khai thác gần bờ, tàu thuyền và phương tiện khai thác chậm đổi mới; các dịch vụ hậu cần chậm phát triển, chưa đáp ứng kịp yêu cầu và nâng cao hiệu quả khai thác xa bờ.
- Chưa bảo đảm đủ giống tốt và kỹ thuật nuôi trồng tiên tiến cho những đối tượng nuôi chủ lực. Việc quản lý đối với các cơ sở sản xuất giống chưa chặt chẽ, kiểm soát chất lượng giống chỉ dừng lại ở kiểm dịch; phần lớn lượng giống cung cấp cho nuôi thâm canh và quảng canh cải tiến không kiểm soát được.Nhiều giống các loài thuỷ sản quý hiếm còn khai thác trong tự nhiên để nuôi trồng chưa chủ động sản xuất nhân tạo được.
- Tỷ lệ diện tích nuôi trồng theo phương thức công nghiệp còn ít; việc tổ chức liên kết sản xuất giữa nuôi trồng, khai thác với thu mua, bảo quản, chế biến tiêu thụ còn nhiều hạn chế, hiệu quả sản xuất kinh doanh chưa cao.
- Việc nghiên cứu ứng dụng khoa học và công nghệ vào phát triển ngành thuỷ sản còn chậm, hiệu quả thấp, chưa được quan tâm đúng mức.
- Đời sống của người lao động nghề cá còn nhiều khó khăn.
- Việc đầu tư trong ngành thủy sản còn nhiều dàn trải và không đồng bộ. Cơ sở hạ tầng phục vụ cho NTTS còn yếu kém, chưa đáp ứng yêu cầu phát triển, nhất là hạ tầng thủy lợi.
- Sản xuất kinh doanh thuỷ sản của Việt Nam cũng đang phải đối mặt với nhiều khó khăn thách thức, nhất là khả năng cạnh tranh và mở rộng thị trường xuất khẩu do hàm lượng khoa học – công nghệ trong các sản phẩm thủy sản còn thấp, xu hướng bảo hộ thương mại, cùng với thiên tai, dịch bệnh, biến đối khí hậu đặc biệt là nước biển dâng mà Việt Nam được dự báo là một trong số ít các nước bị chịu ảnh hưởng nặng nề nhất.