Công tác xây dựng kế hoạch thanh tra hàng năm được tập trung thống nhất theo chỉ đạo cấp trung ương căn cứ vào mục tiêu, nhiệm vụ hướng dẫn việc xây dựng kế hoạch thanh tra tập trung vào đối tượng, ngành, nghề nhất định, phê duyệt điều chỉnh tỷ lệ đối tượng thanh tra giữa ngành nghề. Theo kinh nghiệm của cơ quan thuế Anh thông thường kế hoạch thanh tra thuế được xây dựng theo cơ cấu:
+ 40% do cơ quan thuế trung ương xây dựng + 10% lựa chọn ngẫu nhiên
+ 50% do Cục thuế và Chi cục thuế xây dựng
Về kiểm soát chất lượng thanh tra
Các nước đều xây dựng hệ thống chuẩn mực thanh tra để kiểm soát chất lượng thanh tra. Hệ thống chuẩn mực từng nước có sự khác biệt nhất định nhưng đều bao gồm các nhóm chuẩn mực sau:
- Chuẩn mực 2: Bằng chứng thanh tra và thu thập bằng chứng thanh tra - Chuẩn mực 3: Kết luận, kiến nghị thanh tra
- Chuẩn mực 4: Tài liệu làm việc và Báo cáo thanh tra
Theo qui mô và tích chất của từng vụ thanh tra, cơ quan thuế có thể thành lập các bộ phận riêng chịu trách nhiệm rà soát kết quả thanh tra theo các chuẩn mực trên trước khi ban hành quyết định cuối cùng hoặc có thể đưa vào quy trình thanh tra nội bộ. Ví dụ, tại úc, Malaysia và Trung Quốc, các thanh tra cao cấp hoặc trưởng phòng thanh tra có nhiệm vụ rà soát lại toàn bộ các kết quả thanh tra tại cơ sở có liên quan đến giao dịch quốc tế hoặc các vụ việc lớn trước khi gửi kết quả chính thức cho ĐTNT.