Thanh tra, điều tra thuế là một chức năng cơ bản của cơ quan thuế Indonêxia, nó giữ vai trò quan trọng để đảm bảo quá trình áp dụng thành công cơ chế tự tính, tự khai nộp thuế. Công tác thanh tra, chính sách thanh tra được quy định bởi Cục thanh tra và điều tra thuộc Tổng cục thuế, chỉ được thực hiện sau khi đã thu thập các thông tin và xử lý các dự liệu về đối tượng nộp thuế để đánh giá mức độ tuân thủ nghĩa vụ thi hành về thuế và sự thi hành của các quy định về thuế.
Công tác thanh tra thuế được thực hiện trên nguyên tắc: Đối tượng nộp thuế không bao giờ bị thanh tra lại trong cùng 01 năm. Nhằm tránh việc thanh tra nhiều lần đối với đối tượng nộp thuế trong cùng năm thì cần phải tiến hành thanh tra đối với mọi loại thuế cùng một lúc. Trường hợp trong năm phải tiến hành thanh tra quá một lần chỉ
khi có các lý do như: Đối tượng nộp thuế có hành vi phạm tội hình sự, có chứng cứ mới hoặc chứng cứ chưa bộc lộ có thể làm tăng số thuế phải nộp hoặc có lý do theo chỉ thị của Tổng cục trưởng cục thuế.
Hoạt động thanh tra được tiến hành bởi đội thanh tra trong đó luôn có 01 giám sát viên, 01 đội trưởng và 01 hoặc một số thành viên tuỳ theo nhiệm vụ công tác.
Thời gian thanh tra tại cơ sở kinh doanh là 02 tháng và có thể kéo dài 08 tháng nếu được Tổng cục trưởng cục thuế cho phép, thanh tra tại trụ sở cơ quan thuế thì thời gian là: 01 tháng, có thể kéo dài 02 tháng.