Qua công tác thanh tra đối với các doanh nghiệp khai thác khoáng sản trên địa bàn, tác giả đã đúc kết và thống kê các sai phạm chủ yếu đã phát hiện và thường gặp như sau:
- Không kê khai đủ sản lượng khai thác, khai sai sản lượng tính thuế do quy đổi chưa đúng, kê khai không đúng thời điểm phát sinh.
- Đối với các doanh nghiệp khai thác, chế biến khoáng sản có hành vi thành lập 02 đơn vị cùng một chủ sở hữu, doanh nghiệp thành lập sau là doanh nghiệp chế biến, thu mua phần lớn sản lượng của doanh nghiệp khai thác. Doanh nghiệp khai thác bán cho doanh nghiệp chế biến với giá tối thiểu theo quy định, trong khi giá bán thực tế ra ngoài cao hơn. Giá tính thuế Tài nguyên là giá trên hóa đơn của đơn vị khi thác bán cho đơn vị chế biến dẫn đến thất thu thuế Tài nguyên.
- Xác định chưa đúng căn cứ tính thuế tài nguyên, phí BVMT như: sản lượng, giá, thuế suất, mức thu phí.
- Không tính toán kê khai nộp thuế tài nguyên và phí bảo vệ môi trường hoạt động khai thác đất, cát, nước, đặc biệt là nước ngầm
- Doanh nghiệp chế biến đá: khai thác nguyên liệu về chế biến nhưng chưa kê khai ngay thuế Tài nguyên; khi bán thành phẩm mới căn cứ trên kích thước thành phẩm để kê khai giá tính thuế Tài nguyên dẫn đến kích thước kê khai nộp thuế luôn thấp hơn kích thước nguyên khai; Đá khối Bloc kê khai thành đá mỹ nghệ...
- Kê khai giá tính thuế tài nguyên (giá trên hợp đồng mua bán) thấp hơn nhiều giá tối thiểu tính thuế tài nguyên theo quy định của UBND tỉnh.
- Giảm thuế GTGT đầu ra và kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào của các hoá đơn bất hợp pháp: bỏ ngoài sổ sách kế toán doanh thu bán đất, đá, thi công; tăng khống chi phí sản xuất kinh doanh bằng hoá đơn bất hợp pháp:
- Thi công, bán khoáng sản không xuất hoá đơn, kê khai thuế;
- Sử dụng hoá đơn nhiên liệu có số lượng, giá trị cao hơn thực tế nhiên liệu tiêu thụ nhằm tăng khống chi phí, thay thế cho chi phí thuê máy móc, thiết bị, phương tiện vận chuyển không có hoá đơn hoặc để bù đắp chi phí mua đất, đá không có chứng từ.
- Lấy hoá đơn khống các loại vật tư, nhiên liệu tương ứng với phần xuất khống khối lượng thi công cho bên A; hoá đơn khống vận chuyển máy móc thiết bị thi công...
- Giảm thuế GTGT đầu ra và kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào của các hoá đơn bất hợp pháp: bỏ ngoài sổ sách kế toán doanh thu bán đất, đá, thi công; tăng khống chi phí sản xuất kinh doanh bằng hoá đơn bất hợp pháp:
+ Hợp đồng ký trọn gói gồm cả giá trị đất, đá cung cấp đến công trình và giá trị thi công san lấp thể hiện tổng giá trị thanh toán - toàn bộ doanh thu chịu thuế suất 10%. Nhưng doanh nghiệp tách ra làm nhiều phụ lục với giá trị đất, đá tăng cao để kê khai doanh thu chịu thuế suất 5%, đồng thời làm giảm doanh thu thi công san lấp chịu thuế suất 10% hoặc tự theo dõi, tách riêng doanh thu bán đất, đá tính thuế 5%, doanh thu san lấp tính thuế 10%.
+ Thi công, bán khoáng sản không xuất hoá đơn, kê khai thuế: thường xảy ra đối với các doanh nghiệp được cấp phép khai thác mỏ, tính vào chi phí sản xuất kinh doanh trong kỳ của doanh nghiệp lớn như chi phí nhiên liệu, chi phí tiền lương, chi phí vận chuyển di dời thiết bị, chi phí sửa chữa thiết bị…nhưng số lượng khai thác đã hạch toán và kê khai không tương xứng do các doanh nghiệp khai thác bán khoáng sản và không hạch toán doanh thu.
Tình huống cụ thể: Qua công tác thanh tra tại trụ sở của Công ty TNHH A tại huyện Vạn Ninh chuyên khai thác và bán đá Granite, đoàn thanh tra nhận thấy lượng điện tiêu thụ hàng năm khá lớn, bên cạnh đó trên sổ sách kế toán thể hiện còn tồn lượng thuốc nổ và kíp nổ khá lớn trong khi đó sản lượng đá khai thác và kê khai thuế trên sổ sách kế toán là khá thấp, điều này là bất thường so với các doanh nghiệp khác cùng ngành nghề. Trên cơ sở định mức tiêu hao điện do chính doanh nghiệp tự xây dựng và có khảo sát của các doanh nghiệp khác, dựa trên lượng thuốc nổ và kíp nổ tồn kho “ảo” dựa trên Công văn số 1784/BXD-VP ngày 16/8/2007 của Bộ Xây dựng về định mức vật tư trong xây dựng đã cho chứng minh được Công ty TNHH A đã không kê khai lượng đá Granite lến đến 339m3 tương đương 12.887m2 đá ốp lát, từ đó đã xử lý hành vi trốn thuế với tổng số thuế truy thu và xử phạt là trên 1.203 triệu đồng.
+ Sử dụng hoá đơn nhiên liệu có số lượng, giá trị cao hơn thực tế nhiên liệu tiêu thụ nhằm tăng khống chi phí; bù đắp chi phí mua đất, đá không có chứng từ. Các trường hợp này thường trong hợp đồng không xác định rõ nguồn gốc đất hoặc kê khai đất được cho, tận dụng; không xác định nơi lấy đất để kê khai sai cự ly vận chuyển; kê thấp khối lượng vận chuyển trên chuyến để tăng số chuyến vận chuyển; đăng ký định mức tiêu thụ nhiên liệu cao hơn thực tế; kê khống tiêu hao nhiên liệu một số máy móc thiết bị của doanh nghiệp thực tế không thi công tại công trình.