Căn cứ Quyết định số 74/QĐ-CT ngày 27/01/2014 ( trước ngày 01/01/2014 là Quyết định số 460/QĐ-CT ngày 05/5/2009) của Tổng Cục trưởng Tổng Cục Thuế về việc ban hành quy trình thanh tra thuế, trình tự thủ tục thanh tra thuế được thực hiện theo thứ tự từng bước như sau:
- Lập kế hoạch thanh tra năm:
+ Bước 1. Thu thập, khai thác thông tin dữ liệu về người nộp thuế.
+ Bước 2. Đánh giá, phân tích để lựa chọn đối tượng lập kế hoạch thanh tra. + Bước 3. Trình, duyệt kế hoạch thanh tra thuế năm.
+ Bước 4. Điều chỉnh, bổ sung kế hoạch thanh tra. - Tổ chức thanh tra tại trụ sở của người nộp thuế: + Bước 1. Chuẩn bị thanh tra bao gồm:
Tổ chức thực hiện phân tích chuyên sâu về hồ sơ khai thuế của các doanh nghiệp trong kế hoạch thanh tra thuế, xác định các nội dung trọng tâm cần tập trung thanh tra, thu thập các thông tin từ các nguồn ngoài ngành như của Kiểm toán, Thanh tra nhà nước, thông tin từ báo đài hoặc cơ quan quản lý nhà nước khác...
Thành lập đoàn thanh tra.
Ban hành quyết định thanh tra.
+ Bước 2. Công bố Quyết định thanh tra thuế.
+ Bước 3. Phân công công việc và lập nhật ký thanh tra thuế.
+ Bước 4. Thực hiện thanh tra theo các nội dung trong Quyết định thanh tra và thực hiện báo cáo tiến độ thực hiện nhiệm vụ thanh tra thuế (chậm nhất vào ngày 10, 20, ngày cuối cùng của tháng).
+ Bước 5. Thay đổi, bổ sung nội dung thanh tra hoặc gia hạn thời gian thanh tra. + Bước 6. Lập Biên bản thanh tra thuế.
+ Bước 7. Công bố công khai Biên bản thanh tra. - Xử lý kết quả sau thanh tra:
+ Bước 1. Báo cáo kết quả thanh tra; dự thảo kết luận thanh tra; dự thảo Quyết định xử lý truy thu thuế; dự thảo Quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế
+ Bước 2. Ký kết luận thanh tra; Quyết định xử lý truy thu thuế; Quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế.
+ Bước 3. Lưu hành kết luận thanh tra; Quyết định xử lý truy thu thuế; Quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế trong cơ quan thuế.
+ Bước 4. Giao kết luận thanh tra; Quyết định xử lý truy thu thuế; Quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế cho người nộp thuế.
+ Bước 5. Nhập số liệu vào hệ thống cơ sở dữ liệu hỗ trợ thanh tra thuế của Ngành. - Tổng hợp báo cáo và lưu giữ tài liệu thanh tra thuế.
* Trường hợp trong quá trình thực hiện thanh tra nếu phát hiện hành vi trốn thuế có dấu hiệu tội phạm thì đoàn thanh tra lập biên bản tạm dừng thanh tra tại đơn vị và có ngay văn bản báo cáo Lãnh đạo bộ phận thanh tra, dự thảo văn bản trình Lãnh đạo cơ quan thuế chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra theo qui định của pháp luật. Đánh giá về việc thực hiện quy trình:
- Về công tác lập kế hoạch thanh tra:
+ Căn cứ quyết định số 1519/QĐ-TCT ngày 08/10/2012 của Tổng Cục Thuế về việc ứng dụng Phân tích thông tin rủi ro của người nộp thuế (TPR) lập kế hoạch thanh tra thuế, hàng năm Tổng cục thuế hướng dẫn cụ thể tới Cục thuế các Tỉnh, Thành phố trực thuộc Trung ương về định hướng công tác xây dựng kế hoạch thanh tra hàng năm về số lượng cuộc thanh tra, ngành nghề, lĩnh vực, chuyên đề cần lưu ý khi lập kế hoạch... Trên cơ sở đó, Cục Thuế tỉnh Khánh Hòa tiến hành phân tích các dữ liệu về NNT trên hệ thống báo cáo tài chính, hồ sơ kê khai thuế và kết hợp các nguồn thông tin khác như thông tin về tính hình chấp hành pháp luật thuế nắm được qua công tác quản lý, tình hình xu thế phát triển ngành kinh tế để xây dựng bộ tiêu chí rủi ro “động” ( Ngoài bộ 21 tiêu chí “tĩnh” của Tổng cục Thuế đã xây dựng) để ứng dụng TPR đưa ra danh sách và mức độ rủi ro, trên cơ sở đó kết hợp với thông tin bên ngoài và kinh nghiệm thực tiễn của người lập kế hoạch để lựa chọn danh sách NNT có rủi ro cao về thuế và đưa vào kế hoạch thanh tra thuế trình Tổng cục Thuế phê duyệt.
Hình 2.2 Sơ đồ Phương pháp tính rủi ro, phân ngưỡng gán điểm
+ Tuy nhiên công tác lập kế hoạch thanh tra vẫn còn nhiều bất cập, thể hiện ở việc các doanh nghiệp khi thành lập thường đăng ký nhiều ngành nghề, lĩnh vực khác nhau, tuy nhiên hệ thống dữ liệu của cơ quan thuế hiện tại không xác định đúng ngành nghề kinh doanh thực tế của nhiều doanh nghiệp dẫn đến việc phân tích, đánh giá, so sánh kết quả hoạt động kinh doanh giữa các doanh nghiệp, phân ngưỡng quy mô và rủi ro không chính xác. Vấn đề này ảnh hưởng rất lớn đến việc tính toán các chỉ tiêu bình quân ngành làm cơ sở cho việc tính điểm rủi ro, khó khăn cho việc thực hiện các chuyên đề do xác định không đúng đối tượng.
+ Mặc dù ứng dụng TPR đã được xây dựng và thường xuyên nâng cấp để đáp ứng cho công tác, nhưng cơ sở dữ liệu tại các ứng dụng khác phục vụ cho việc chạy số liệu lập kế hoạch như: ứng dụng BCTC, ứng dụng QLT, ứng dụng TTR... bị thiếu dữ liệu hoặc dữ liệu không phù hợp do nhiều nguyên nhân chủ quan là chính, đã dẫn đến tình trạng khi chạy ứng dụng để lập kế hoạch thanh tra thuế hàng năm đã cho ra kết quả thiếu chính xác, do vậy phải mất rất nhiều thời gian để xử lý bằng thủ công hoặc phải dùng kinh nghiệm thực tế để quyết định có chọn lựa doanh nghiệp để đưa vào kế hoạch hay không.
- Về việc thực hiện quy trình thanh tra thuế:
+ Quy trình thanh tra đã phân chia các bước công việc và thời gian thực hiện các bước tương đối hợp lý và cụ thể để các đoàn thanh tra thực hiện và kiểm tra từ đó đã giúp cho các đoàn chủ động thực hiện công việc của mình.
+ Thời gian tiến hành một cuộc thanh tra tại doanh nghiệp cũng đã được rút ngắn bởi công tác thanh tra đã tiến hành bước phân tích sâu hồ sơ doanh nghiệp tại cơ quan thuế. Khi tiến hành thanh tra, tập trung vào các dấu hiệu nghi vấn, tránh tình trạng kiểm tra, thanh tra dàn trải, gây mất thời gian cho đối tượng thanh tra. Đồng thời, việc áp dụng các công cụ hỗ trợ cho công tác thanh tra như công cụ tra cứu hoá đơn của các doanh nghiệp bỏ trốn, các phần mềm phân tích tài chính doanh nghiệp, các chương trình Excel tính toán số liệu đã rút ngắn thời gian thanh tra tại cơ sở kinh doanh xuống đáng kể. Tuy nhiên, do trình độ của công chức làm thanh tra thuế hiện chưa đồng đều, công tác phân tích vẫn chưa thực sự đi vào trọng tâm và chất lượng, thái độ làm việc của một số công chức còn chưa đúng mực, nhã nhặn... đã dẫn đến thời gian tiến hành một số cuộc thanh tra kéo dài, gây mất thời gian của doanh nghiệp, chất lượng thanh tra chưa cao và đôi khi gây bức xúc về cách ứng xử, trao đổi đối với doanh nghiệp trong quá trình thanh tra.