Sau khi giành được độc lập, Chủ tịch Hồ Chí Minh đã ký ban hành nhiều sắc lệnh qui định tổ chức và hoạt động của cơ quan công tố. Đó là Sắc lệnh số 33A ngày 14/9/1945, Sắc lệnh số 7/SL ngày 15/1/1946 quy định về chức năng công tố, cụ thể: “Đứng buộc tội, tuỳ quyết định của Bộ trưởng Bộ Tư pháp, sẽ là nhân viên của Công tố viện do Chưởng lý Toà thượng thẩm chỉ định”. Như vậy, Công tố viện đã bước đầu được hình thành dưới sự quản lý, chỉ đạo, điều hành của Bộ trưởng Bộ Tư pháp.
Tuy nhiên, Sắc lệnh hoàn chỉnh đầy đủ nhất về tổ chức và hoạt động của các cơ quan tư pháp là Sắc lệnh số 13 ngày 24/1/1946 về tổ chức Toà án (Ban tư pháp xã, Toà án sơ cấp, Toà án đệ nhị cấp, Toà thượng thẩm) và tổ chức các ngạch Thẩm phán (ngạch Thẩm phán; việc tuyển chọn, bổ nhiệm Thẩm phán; quyền, nghĩa vụ của Thẩm phán). Theo qui định của Hiến pháp năm 1946, trong Chương VI về “cơ quan tư pháp” của Hiến pháp năm 1946 quy định “cơ quan tư pháp của nước Việt Nam dân chủ cộng hoà gồm có: a) Toà án tối cao; b) Các Toà án phúc thẩm; c) Các Toà án đề nhị cấp và sơ cấp”; “Các nhân viên Thẩm phán do Chính phủ bổ nhiệm”. Qui định này cho thấy cơ quan tư pháp có một vị trí độc lập trong tổ chức bộ máy nhà nước, là cơ quan thực hiện quyền công tố và xét xử.
Trong thời gian từ năm 1946 đến năm 1959, Nhà nước ta không thành lập cơ quan thực hành quyền công tố riêng. Trong cơ cấu Toà án, các Thẩm phán được chia làm hai loại:
- Các Thẩm phán xét xử do Chánh án Toà án Thượng thẩm đứng đầu. - Các Thẩm phán Công tố viên (Thẩm phán buộc tội) hợp thành một đoàn thể độc lập (Công tố viện) với các Thẩm phán xét xử do Chương lý đứng đầu. Các Thẩm phán Công tố viên ở Toà án đệ nhị cấp gọi là Biện lý,
Phó biện lý; ở Toà thượng thẩm gọi là Chưởng lý, Phó chưởng lý, Tham lý. Thực hành nhiệm vụ công tố trong việc hình, Thẩm phán Công tố viên được áp dụng nhiều biện pháp trong quá trình giải quyết vụ án và có nhiệm vụ thay mặt Nhà nước buộc tội bị cáo tại phiên toà. Thẩm phán Công tố viên bảo vệ quyền lợi của những người ở tuổi vị thành niên, của các pháp nhân hành chính và phải tham gia vào một số công việc khác theo quy định của pháp luật.
Thực hiện cuộc cải cách tư pháp năm 1950, cùng với việc thành lập TAND các cấp, mô hình Viện công tố được thành lập, nó là một bộ phận trong bộ máy hành chính. Cụ thể: “Uỷ bán các cấp điều khiển Viện công tố trong địa hạt của mình, Uỷ ban kháng chiến hành chính có thể ra mệnh lệnh cho Viện công tố. Đại diện Viện công tố phải tuân theo mệnh lệnh của Uỷ ban”. Tiếp đó, thực hiện Nghị quyết ngày 29/4/1958 của Quốc hội khoá I và Nghị định số 256/TTg ngày 1/7/1959, Nghị định số 321/TTg ngày 2/7/1959 của Chính phủ, các Viện công tố được tổ chức thành hệ thồng gồm Chính phủ, các Viện công tố đã được tổ chức thành hệ thống gồm:
+ Viện công tố Trung ương; + Viện công tố thành phố, tỉnh;
+ Viện công tố huyện và các đơn vị hành chính tương đương; + Viện công tố quan sự các cấp.