Vấn đề miễn thuế đợc xem xét dới 2 mức độ: Miễn và xét miễn thuế.
Hàng hóa là đối tợng miễn thuế gồm: Hàng viện trợ không hoàn lại; hàng tạm nhập tái xuất; tạm xuất tái nhập để dự hội chợ triển lãm; hàng là tái sản di chuyển; hàng hóa mang theo hoặc gửi về của công dân Việt Nam đi hợp tác lao động; hợp tác chuyên gia, công tác và học tập ở nớc ngoài trong mức quy định của Chính phủ; hàng xuất khẩu, nhập khẩu của tổ chức, cá nhân ngời nớc ngoài đợc hởng tiêu chuẩn miễn trừ ngoại giao do Chính phủ quy định phù hợp với các điều ớc quốc tế mà Việt Nam ký kết hoặc tham gia; hàng xuất khẩu để trả nợ nớc ngoài của Chính phủ; hàng là vật t, nguyên liệu nhập khẩu để gia công cho nớc ngoài rồi xuất khẩu theo hợp đồng đã ký kết.
Xét miễn thuế là về nguyên tắc hàng đó phải nộp thuế song trong những điều
kiện,trờng hợp cụ thể có thể đợc xem xét miễn thuế. Hàng hóa đợc xét miễn thuế trong các trờng hợp: Hàng nhập khẩu chuyên dùng phục vụ trực tiếp cho an ninh quốc phòng, nghiên cứu khoa họcvà giáo dục đào tạo; hàng xuất khẩu, nhập khẩu của xí nghiệp có vốn đầu t nớc ngoài và của bên nớc ngoài hợp tác kinh doanh trên cơ sở hợp đồng hợp tác kinh doanh trong trờng hợp đặc biệt cần khuyến khích đầu t; hàng là quà biếu, quà tặng của tổ chức, cá nhân nớc ngoài cho tổ chức, cá nhân của Việt Nam và ngợc lại, trong mức quy định của Chính phủ.
Việc giảm thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu chỉ đặt ra trong trờng hợp
hàng hóa xuất nhập khẩu gặp sự cố do khách quan mang lại. Theo các văn bản pháp quy về thuế xuất nhập khẩu thì việc giảm thuế chỉ đợc áp dụng trong quá trình vận chuyển, bốc xếp hàng hóa bị h hỏng, hao hụt hoặc bị mất mát có lý do xác đáng đợc cơ quan giám định Nhà nớc về hàng xuất khẩu, nhập khẩu (Vinacontrol) chứng nhận. Tỷ lệ giảm tơng ứng với tỷ lệ h hao của hàng hóa do Vinacontrol xác định.
Hoàn thuế là một đòi hỏi khách quan khi có sự cố xảy ra trong quá trình thu
thuế xuất nhập khẩu nhằm đảm bảo quyền lơị cho ngời nộp thuế. Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu đợc xét hoàn lại cho các đối tợng nộp thuế trong các trờng hợp: hàng nhập khẩu đã nộp thuế mà còn lu kho lu bãi ở cửa khẩu hoặc thực tế nhập khẩu ít hơn; hàng đã nộp thuế theo tờ khai, nhng thực tế xuất khẩu hoặc thực tế nhập khẩu ít hơn; hàng là vật t, nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu; hàng tạm nhập khẩu để tái xuất khẩu, hàng tạm xuất khẩu để tái xuất khẩu, đợc cơ quan Nhà nớc có thẩm quyền cho phép.
Các văn bản pháp quy về thuế xuất nhập khẩu cũng quy định thời gian hoàn thuế. Theo đó thời gian hoàn thuế là 30 ngày kể từ ngày nhận đợc hồ sơ xin hoàn thuế, Bộ Tài chính phải làm xong các thủ ục hoàn thuế cho các đối tợng nộp thuế. Qua thời hạn trên, thì ngoài số thuế đợc hoàn thì ngời nộp thuế còn đợc hởng tiền lãi trên số thuế đợc hoàn ơng ứng với số ngày chậm hoàn theo mức lãi suất tiền gửi Ngân hàng tại thời điểm hoàn thuế.