Theo trình tự làm thủ tục cho hàng hóa xuất nhập khẩu, việc kiểm tra của cơ quan Hải quan đợc phân thành: kiểm tra trớc, kiểm tra trong và kiểm tra sau thông quan. Hàng hóa và phơng tiện vận tải đợc thông quan sau khi đã làm xong thủ tục hải quan.
Trớc năm 1999, khi cha có chế định kiểm tra sau thông quan, mọi hàng hóa nhập khẩu đều phải đợc kiểm tra chi tiết tại cửa khẩu hoặc địa điểm đợc cơ quan có thẩm quyền cho phép. Hàng sau khi đã đi khỏi các vị trí này, cơ quan hải quan không có quyền kiểm tra. Quy định nh cũ đã gây ra nhiều ách tắc đối với những cửa khẩu có lu lợng hàng hóa xuất nhập khẩu lớn và không thể đảm bảo chặt chẽ vì trong một thời gian ngắn việc để xảy ra sai sót khi kiểm tra là khó tránh khỏi. Hơn nữa, để đối phó với các thủ đoạn gian lận thì việc kiểm tra ngay tại cửa khẩu là rất khó phát hiện.
Để đối phó với tình trạng trên, Quốc hội và Chính phủ đã có nhiều sửa đổi trong Luật thuế xuất nhập khẩu để tạo sự thông thoáng và công bằng cho các doanh nghiệp chân chính, giảm bớt phiền hà. Đồng thời ngày 01/01/2002 Luật Hải quan Việt Nam đã chính thức có hiệu lực mà trong đó đã dành u tiên cho các doanh nghiệp thực hiện tốt chế độ kế toán và nghiêm chỉnh chấp hành pháp luật. Tuy nhiên do sự thiếu đồng bộ của hệ thống các văn bản quy phạm pháp luật trong việc quy định cụ thể quyền hạn, hủ tục tiến hành kiểm tra sau thông quan tại doanh nghiệp. Và cho đến tận bây giờ các Thông t hớng dẫn về việc thông quan cha đầy đủ nên doanh nghiệp cũng nh cán bộ thừa hành pháp luật vẫn không có nhiều căn cứ để thực hiện. Một phần khác là thuộc về các yếu tố tâm lý, tuyên truyền pháp luật do đó khi cơ quan Hải quan tiến hành kiểm tra sau thông quan, mặc dù là đúng quy định nhng vẫn vấp phải sự phản đối quyết liệt từ phía doanh nghiệp vì họ thờng cho rằng khi hàng hóa đã ra khỏi địa điểm làm thủ tục hải quan là hoàn thành hết mọi thủ tục. Để khắc phục yếu tố này, chúng ta cần phải có biện pháp tuyên truyền tích cực hơn nữa các chế độ luật pháp cho các đối tợng làm thủ tục hải quan.