Hải quan có chức năng quản lý quy trình làm thủ tục hải quan, theo dõi cung cấp tất cả các thông tin cần thiết liên quan tới hoạt động xuất nhập khẩu, áp dụng các hình thức quản lý mới, đồng thời tiến hành kiểm tra, giám sát hàng hóa qua cửa khẩu để chống buôn lậu và thất thu thuế.
2. Tổ chức thực hiện các văn bản quy phạm pháp luật về thuế xuất nhập khẩu khẩu
Trên cơ sở các văn bản quy phạm pháp luật đã đợc ban hành, các cơ quan có thẩm quyền đảm bảo thực hiện đúng chức năng và nhiệm vụ đợc giao.
- Bộ Tài chính:
+ Bộ Tài chính là cơ quan có thẩm quyền giải quyyết khiếu nại cuối cùng các vấn đề liên quan đến chính sách thuế, giá tính thuế ngoại trừ trờng hợp liên quan đến truy thu thuế. Tổ chức, cá nhân có đơn khiếu nại có quền đề nghị tòa án hành chính thuộc hệ thống cơ quan t pháp xét xử, nếu không đồng ý với việc giải quyết khiếu nại lần đầu của cơ quan có thẩm quyền.
+ Bộ Tài chính là cơ quan xem xét, giải quyết miễn thuế cho hàng hóa nhập khẩuthuộc các đối tợng: hàng nhập khẩu chuyên dùng phục vụ trực tiếp cho an ninh, quốc phòng, nghiên cứu khoa học, giáo dục và đào tạo; hàng nhập khẩu của doanh nghiệp có vốn đầu t nớc ngoài và của bên nớc ngoài hợp tác kinh doanh theo luật đầu t nớc ngoài tại Việt Nam; hàng là quà biếu, quà tặng của các tổ chức, cá nhân nớc ngoài cho các tổ chức, cá nhân của Việt Nam và ngợc lại.
+ Tổ chức kiểm tra thực hiện chính sách thuế xuất nhập khẩu
- Tổng cục Hải quan: là cơ quan trực tiếp áp dụng những quy định của Nhà nớc về thuế xuất nhập khẩu. Theo trình tự, thủ tục việc thực hiện chính sách thuế xuất nhập khẩu của cơ quan Hải quan gồm các bớc:
1/ áp mã tính thuế: xác định mặt hàng nhập khẩu thuộc mã no trong Biểu thuế. Đây là bớc thủ tục khó khăn nhất và thòng hay có sai phạm. Nguyên nhân một mặt do sự phức tạp, những hạn chế, tồn tại của Biểu thuế gây ra và mật khác là do nguyên nhân chủ quan từ cơ quan Hải quan, cán bộ hải quan - những ngời đợc giao nhiệm vụ áp mã tính thuế.
2/ Thu nộp thuế: căn cứ vào số thuế đã tính ở bớc 1, đối tợng nộp thuế có trách nhiệm phải nộp đúng, đủ và kịp thời số tiền thuế phải nộp. Tuy nhiên, trên thực tế, nhiều trờng hợp đối tợng nộp thuế đã cố tình dây da không nộp, dẫn đến tình trạng việc theo dõi, đôn đốc thu nộp thuế của cơ quan hải quan gặp nhiều khó khăn.
3/ Giải quyết khiếu nại ( nếu có): cơ quan Hải quan có trách nhiệm giải quyết lần đầu ( cấp Cục Hải quan địa phơng) và lần thứ hai ( cấp Tổng cục) đối với những khiếu nại có liên quan đến chính sách thuế xuất nhập khẩu, thuế xuất nhập khẩu, giá tính thuế, thời hạn nộp thuế...