Theo quy định, TCHQ cho phép áp dụng thuế suất u đãi đối với hàng tiểu ngạch mà không cần C/O nếu Hải quan có thể xác nhận đợc xuất xứ. Nhng trên thực tế có nhiều lô hàng trị giá lớn vẫn nhập khẩu theo đờng tiểu ngạch để sự hởng u đãi nà. Nếu áp dụng thuế suất nh trên có thể dẫn tới tình trạng thất thu thuế.
* Có một số mặt hàng đặc biệt khi nhập khẩu không có C/O do tính chất đặc thù của loại hàng này. Vì vậy, khi nhập khẩu rất khó mà xác định đợc căn cứ để đ- ợc hởng u đãi.
Ví dụ: Đối với mặt hàng nhập khẩu là phụ tùng động cơ máy bay là loại đặc thù về chứng nhận xuất xứ chỉ có chứng nhận chất lợng của Khu vực hoặc Hiệp hội Hàng không Quốc tế, mà không có C/O thông thờng nh quy định của Bộ thơng mại. Do vậy, không có căn cứ để tính thuế suất u đãi.
Hải quan các địa phơng đang rất khó xử khi làm thủ tục cho loại hàng phi mậu dịch và tiểu ngạch niên giới trong diện đợc hởng thuế suất u đãi. Theo qu định, hàng hóa này sẽ đợc hởng thuế suất u đãi nếu lô hàng nhập khẩu có đủ chứng từ kèm theo xác địn đợc xuất xứ hàng nhập khẩu từ các nớc trong Danh mục đợc h- ởng thuế suất u đãi.
* Vấn đề nợ C/O: Theo Thông t 280/TCHQ-GSQL ngày 29/11/1995, của Tổng cục Hải quan vầ Bộ Thơng mại, quy định thẩm quyền cho nợ C/O do Cục tr- ởng Cục Hải quan tỉnh, Thành phố chấp thuận. Nhng trên thực tế, các doanh nghiệp xuất nhập khẩu thờng phải trình C/O ngay tại cửa khẩu, nhng trong nhiều trờng hợp hàng hóa về trớc còn C/O về sau. Do vậy, để đợc hởng thuế suất u đãi thì doanh nghiệp phải xin nợ C/O, doanh nghiệp phải đi lại rất nhiều lần, phải qua rất nhiều cửa, gây mất thời gian và tiền của cho doanh nghiệp. Hoặc đối với hàng đợc u đãi vầ thuế suất cũng không thực hiện đồng nhất, có nơi Hải quan yêu cầu doanh nghiệp phải có văn bản xin phép nhng có nơi lại không.
* Nhiều trờng hợp doanh nghiệp nợ C/O quá hạn không nộp mặc dù đã đợc h- ởng thuế suất u đãi. Việc thực hiện cỡng chế đối với các doanh nghiệp này là rất khó thực hiện bởi cha có một văn bản cụ thể nào quy định cụ thể, mặc khác các doanh nghiệp giải quyết tại các đơn vị khác thì thực hiện cỡng chế ra sao?
* Việc một số doanh nghiệp ký hợp đồng mua bán hàng hóa với các nớc trong khu vực Đông Nam á, những mặt hàng có xuất xứ từ các nớc ngoài khu vực ( có trình độ phát triển cao hơn) để tiện cho việc vận chuyyển và giá rẻ hơn ( vì các nớc ở khu vực Đông Nam á thờng là tổng đại lý của các hãng lớn). Nhng doanh nghiệp lại vớng về xuất trình chứng nhận xuất xứ C/O gốc thì mới đợc hởng thuế suất u đãi trong khu vực cấp, vì vậy doanh nghiệp không đợc hởng thuế suất u đãi khi mà hàng đó xuất phát từ các nớc có u đãi.